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外在光環境可以訓練植物建立生物時鐘，植物也仰賴內建生物時鐘來精準預測環境的晝夜週期變化，這個「內、外同步化」的過程，除了可以優化植物的生長與發育外，也會增加作物的產量和強化植物對環境的韌性。本院植物暨微生物學研究所吳素幸特聘研究員團隊先前研究發現「光調節WD蛋白質」（LIGHT-REGULATED WD proteins, LWDs）是維持阿拉伯芥生物時鐘穩定運作的關鍵角色。LWDs蛋白質擁有多重WD重複序列，可以作為結構支架，與其他蛋白質結合，組成多功能的蛋白質複合體。為釐清這些由LWDs驅動的蛋白質複合體在晝夜中如何與其他蛋白質合作，研究團隊利用TurboID鄰近標記技術，成功鑑定出219個和LWD1交互作用蛋白質，其中包含數個新發現的生物時鐘調節因子。

研究也發現，LWD1在一天24小時中，會和不同蛋白質交互作用，組成功能各異的蛋白質複合體，調節生物時鐘基因的表現。例如，清晨時LWD1與植物轉錄因子TCP結合，啟動植物生物時鐘基因CCA1。但是到了下午至傍晚，LWD1和轉錄抑制蛋白質PRR/HDA/TPL所形成的複合體，卻可以降低CCA1的表現，確保CCA1在清晨準確地達到表現高峰，啟動植物每天24小時週而復始、與外在光環境配合的生物時鐘運作。本研究揭示了LWD1蛋白質複合體的多樣性及對CCA1的雙重調節機制，不僅釐清了LWD蛋白質如何穩定生物時鐘運作，也為植物生物時鐘相關研究開啟嶄新的研究方向。

本研究由中研院深耕計畫及國科會專題計畫支持，研究成果已於2026年7月8日發表於《美國國家科學院院刊》(Proceedings of the National Academy of Sciences, PNAS)。