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由本院、馬來西亞、澳洲組成的12位海洋專家研究團隊，日前以台灣墾丁萬里桐海域的珊瑚礁為分析對象，發現過去26年間的6次劇烈颱風以及2次珊瑚白化事件之大型擾動，已經使得原本以枝狀「軸孔珊瑚」為主的珊瑚群聚，逐漸成為以山狀的「微孔珊瑚」和「藍珊瑚」為主的珊瑚群聚。同時，這些擾動使得該海域內活珊瑚的覆蓋率，在26年之間降低六成。台灣珊瑚礁生態從原本的多樣生態組合狀態，逐漸走向單調群聚的現象，令學界憂心。論文於2012年8月30日刊登在國際期刊「公共科學圖書館」(PLoS One)。

這項研究共分析1985年至2012年之間，台灣恆春半島墾丁國家公園西邊萬里桐海域的珊瑚礁群聚之變動，以及這段期間當地的生態擾動。結果證實，當地海域主要珊瑚群聚由枝狀珊瑚變成山狀珊瑚。同時，此地海域的活珊瑚覆蓋率，從1985年的47.5%驟減到2010年17.7%，26年之間活珊瑚覆蓋率減少63%。相對地，與珊瑚形成激烈競爭生存的大型藻類則由2003年的11.3％增加到2010年的28.5%。以及，1999年到2005年6年間，無重大海洋干擾，活珊瑚的覆蓋率即返回到1987年的水平。這些數據顯示，大型的生態擾動事件以及人類的活動，皆深深影響珊瑚礁的生態組合。這些自然的大型生態擾動，使台灣海域的珊瑚礁從原本的多樣生態組成，逐漸走向單調群聚，最後或許將無法永續。

研究團隊主持人本院生物多樣性中心陳昭倫研究員表示，珊瑚礁生態系除了提供許多海洋生物重要的棲息環境，涵養著非常高的生物多樣性，同時也提供相當重要的生態服務功能為人類社會文明發展所用，具有相當高的經濟產值。根據2003年的估計，全球珊瑚礁每年淨收益（net benefit per year）高達新台幣1兆元(約298億元美金）。全球約有5億人口(約占全人類7%）居住於珊瑚礁100公里之內，他們依賴著健康的珊瑚礁過活。因此，珊瑚礁生態系的衰退對人類社會的永續發展將是ㄧ大隱憂。

陳昭倫研究員同時表示，在面對環境變遷的影響下，珊瑚礁長期生態研究更形重要。例如，本次研究的結果顯示1996年的賀伯颱風、2008年的莫拉克颱風以及1998年全球海溫升高都是造成台灣珊瑚礁生態衰退很重要的轉折點。而最近「天秤颱風」對墾丁、蘭嶼和綠島陸上的重創，將可能進一步造成台灣周邊海域珊瑚礁無法回復的狀態，影響區域內的漁業和觀光業之永續發展甚深。只有透過長期生態研究科學資料的收集、分析與整合，始能提供給政府釐訂海洋保育政策與調適氣候變遷衝擊之參考。

這項研究係由本院生物多樣性研究中心、澳洲詹姆士科克大學珊瑚礁卓越研究中心、馬來亞大學、國立海洋生物博物館、國立東華大學、國立台灣海洋大學、大仁科技大學、國立中山大學、國立台灣大學與國立中興大學等單位共同合作完成。經費由中研院生物多樣性研究中心、行政院國家科學委員會、與墾丁國家公園支持。