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• 因事得請事假，每學年准給七日。其家庭成員預防接種、發生嚴重之疾病或其他重大事故須親自照顧時，得請家庭照顧假，每學年准給七日，其請假日數併入事假計算。事假及家庭照顧假合計超過七日者，應按日扣除薪給。
• 因疾病或安胎必須治療或休養者，得請病假，每學年准給二十八日；其超過規定日數者，以事假抵銷，並依下列規定辦理：
  
  • 女性研究人員及研究技術人員因生理日致工作有困難者，每月得請生理假一日，全學年請假日數未逾三日，不併入病假計算，其餘日數併入病假計算。
  • 因重大傷病非短時間所能治癒或因安胎確有需要請假休養者，於依規定核給之病假、事假及休假均請畢後，經本院核准得延長之。其延長期間自第一次請延長病假之首日起算，二年內合併計算不得超過一年。但銷假上班一年以上者，其延長病假得重行起算。
• 因結婚者，給婚假十四日，應自結婚之日前十日起三個月內請畢。但因特殊事由經本院核准者，得於一年內請畢。
• 因懷孕者，於分娩前，給產前假八日，得分次申請，不得保留至分娩後；於分娩後，給娩假四十二日；懷孕滿二十週以上流產者，給流產假四十二日；懷孕十二週以上未滿二十週流產者，給流產假二十一日；懷孕未滿十二週流產者，給流產假十四日。娩假及流產假應一次請畢。分娩前已請畢產前假者，必要時得於分娩前先申請部分娩假，並以十二日為限，不限一次請畢；流產者，其流產假應扣除先請之娩假日數。
• 因陪伴配偶懷孕產檢，或因配偶分娩或懷孕滿二十週以上流產者，給陪產檢及陪產假七日，得分次申請。陪產檢應於配偶懷孕期間請畢；陪產應於配偶分娩日或流產日前後合計十五日（含例假日）內請畢。
• 因父母、配偶死亡者，給喪假十五日；繼父母、配偶之父母、子女死亡者，給喪假十日；曾祖父母、祖父母、配偶之祖父母、配偶之繼父母、兄弟姐妹死亡者，給喪假五日。除繼父母、配偶之繼父母以研究人員及研究技術人員或其配偶於成年前受該繼父母扶養或於該繼父母死亡前仍與共居者為限外，其餘喪假應以原因發生時所存在之天然血親或擬制血親為限。喪假得分次申請，並應於死亡之日起百日內請畢。
• 因捐贈骨髓或器官者，視實際需要給假。

前項第一款所定准給事假日數，任職未滿一學年者，依在職月數比例計算後未滿半日者，以半日計；超過半日未滿一日者，以一日計。

第一項所定事假、家庭照顧假、病假、生理假、婚假、產前假、陪產檢及陪產假、喪假，得以時計。

• 依法受各種兵役召集。
• 參加政府依法主辦之各項投票。
• 因執行研究工作或上下班途中發生危險以致傷病，必須休養或療治，其期間在二年以內者。
• 應國內外機關團體或學校邀請，參加與其研究工作有關之各項會議、活動或演講，經本院同意者。
• 基於法定義務出席作證、答辯，經本院同意者。
• 因法定傳染病經各級衛生主管機關認定應強制隔離者。但因可歸責於當事人事由而罹病者，不在此限。
• 經本院指派參加之活動或會議。

• 每連續服務滿三年六個月以上，得申請休假研究半年。
• 每連續服務滿七年以上，得申請休假研究一年。

本院特聘研究員及研究員辦理留職停薪者，得於回職復薪後，依前項規定休假研究，其留職停薪期間之年資，依下列規定辦理：

• 借調中央政府機關留職停薪期間之年資，得折半採計為前項各款之連續服務年資。
• 前款以外留職停薪期間之年資不予採計，但留職停薪前後於本院服務之年資得予併計並視為連續服務。

申請休假研究半年者，應於核准之日起一年內完成；申請休假研究一年者，得以半年為單位分段申請，但應於核准之日起二年內休畢，逾期均視為放棄。

第一項所定申請休假研究人員，各研究所（處）、研究中心每年不得超過該所（處）、中心特聘研究員及研究員人數十分之一，其不足十人者，由各研究所（處）、研究中心報請院長核可。