中央研究院成立於1928年，首任院長蔡元培先生大力倡導國內民族學研究，遂於社會科學研究所內成立民族學組。1934年民族學組改隸屬於歷史語言研究所。中央研究院遷臺後，為了對當時為數約二十萬的臺灣南島民族以及在人數上佔優勢的漢民族社會與文化進行研究，遂於1955年設立民族學研究所籌備處，而於1965年四月間正式成立民族學研究所（以下簡稱本所），創所所長為凌純聲院士。本所同仁的專長主要以社會文化人類學為主，研究的範圍一向以臺灣南島民族及臺灣漢人的社會與文化為主要的重心。1960年代末期為了因應臺灣社會的發展與轉型需求，並同時希望結合人類學的理論與應用兩個層面，本所採取科際整合的方式，大力推展「行為科學」的綜合研究，以更積極的態度從事社會問題的探討。1973年本所設置「文化人類學」與「行為人類學」兩個學術研究組，延攬社會學及心理學領域的專業學者加入研究行列。1986年，基於人類學理論發展及比較研究的需要，本所乃正式成立區域研究組，研究領域亦由臺灣地區擴展至東亞及東南亞，甚至加勒比海以及大洋洲地區，近年來更廣泛的延伸到中國大陸華南和西南地區。研究對象則包括了漢族、南島語族、南亞民族、日本、和海外華人等等。
1995年中央研究院開始推動人文社會科學的分科整合，其中社會學研究所率先獲准設立，原先任職於本所的十一位社會學同仁因此轉至目前已告正式成立的社會學研究所繼續從事學術研究。至此，本所擔負整合社會科學研究的階段性任務業已告一段落，雖然目前所內尚有數位心理學或社會學訓練背景的同仁，整體而言全所已再度回歸到基礎人類學研究的領域。2002年院方進一步取消所內的學術研究組建制，並在院方設立研究中心，本所原有三個學術研究組於該年7月1日正式取消，而非正式之戶籍資料室亦改制為蔡元培研究中心隸屬下的「歷史人口學」研究計畫，以進一步推展相關之研究。
過去四十年來，本所在創辦人凌純聲院士、繼任所長李亦園院士及續任的五位所長文崇一先生、劉斌雄先生、莊英章先生、徐正光先生以及黃應貴先生之帶領下，全所同仁協力同心，奠定了本所在臺灣人類學研究上的領導地位。本所成立至今共計出版學術專書八十餘本、發行《中央研究院民族學研究所集刊》共計九十期，更於2002年起邀請跨院及跨國人類學者組成編輯委員會，發行中英雙語的專業學術期刊Taiwan
Journal of Anthropology，而以《臺灣人類學刊》為平行刊名。此外，本所同仁的部分研究成果亦多有經由民間的出版社印製成專書和大學教科書者。
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