- 第一任院長：蔡元培（民17.04∼29.03)
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- 總幹事：楊 銓（民17年∼22年六月）
- 總幹事：丁文江（民23年∼25年）
- 總幹事：朱家驊（民25年∼27年）
- 總幹事：任鴻雋（民27年∼29年）
- 第二任院長：朱家驊（民29.09∼46.10）
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- 總幹事：傅斯年（民29年∼30年）
- 總幹事：葉企孫（民30年∼32年）
- 總幹事：李書華（民32年∼34年）
- 總幹事：薩本棟（民34年∼37年）
- 總幹事：錢臨照（民37年∼38年）
- 總幹事：周鴻經（民38年∼45年）
- 總幹事：楊樹人（民45年∼46年）
- 第三任院長：胡 適（民46.12∼51.02）
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- 總幹事：全漢昇（民46年∼51年）
- 第四任院長：王世杰（民51.05∼59.04)
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- 總幹事：阮維周（民51年∼53年）
- 總幹事：袁貽瑾（民53年∼57年）
- 總幹事：李亦園（民57.06∼59.04）
- 第五任院長：錢思亮（民59.05∼72.09）
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- 總幹事：李亦園（民59.04∼59.11）
- 總幹事：高化臣（民59.11∼72.01）
- 總幹事：韓忠謨（民72.01∼72.09）
- 第六任院長：吳大猷（民72.10∼83.01）
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- 總幹事/副院長：韓忠謨（民72.10∼79.12）
- 副院長：李崇道（民80.01∼82.07）
- 副院長：羅銅壁（民82.07∼83.01）
- 第七任院長：李遠哲（民83.01.15迄今）
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- 副院長：羅銅壁（民83.01∼85.07）
- 副院長：張光直（民83.08∼85.07)
- 副院長：楊祥發（民85.08∼88.06）
- 副院長：楊國樞（民85.08∼迄今)
- 副院長：陳長謙（民88.07∼迄今)
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