中國文哲研究所座落於寧靜幽雅的四分溪旁，現有研究大樓及圖書館大樓各一棟。該所之籌設起自民國七十七年第十八次院士會議，丁邦新等十六位院士之聯署建議，後經第十三屆評議會第四次會議決議，呈報總統府核准設立中國文哲研究所籌備處，推動設所事宜。民國七十八年八月，吳大猷院長聘請吳宏一先生為籌備處主任。民國七十九年八月，正式進用研究人員，展開研究工作。民國八十一年七月，吳宏一先生因病辭職，由戴璉璋先生接任籌備處主任。民國八十四年十月，遷入新建研究大樓。民國八十六年六月，戴璉璋先生因屆齡辭主任職，由鍾彩鈞先生代理。民國九十年十月經第十七屆評議會第五次會議決議，並報請總統府核准，於民國九十一年七月正式成立研究所，並由王靖獻先生擔任第一任所長。

研究方向

　　中國文哲研究所現有二十三位正式研究人員，分別從事中國古典文學與近現代文學、中國哲學與比較文學，以及經學的研究工作。目前的編組包括文學、哲學、經學三個研究群，並設有明清詞曲、近現代文學、當代儒學，與清代經學四個研究室。該所除鼓勵個別人員從事深度研究，成為獨當一面的專才之外，並尋求不同學門與領域之間自發的、有機的整合，推動集體研究工作。目前已逐漸發展出有特色、有領導地位的研究項目，並加強與海內外學界的聯繫，以促進學術交流，提升漢學研究水準。

重要研究成果

　　過去十二年來，經全體研究人員的積極參與，中國文哲研究所先後推動了詞學、臺灣現代文學、孟子學、當代儒學、劉蕺山學術思想、宗教與二十一世紀的臺灣、明清戲曲、文藝理論與通俗文化─四十至六十年代、世變中的文學世界、清乾嘉揚州學派、儒釋道三教關係等主題研究計畫，並就主題計畫及其他重要議題召開國際研討會。同時，也進行詞學、戲曲、道藏與經學文獻之蒐集整理與電子資料庫的建置工作。此外並出版《中國文哲研究集刊》和《中國文哲研究通訊》兩份定期刊物，及中國文哲專刊、中國文哲論集、孟子學研究叢刊、當代儒學研究叢刊、經學研究叢刊、近代文哲學人論著叢刊、珍本古籍叢刊、古籍整理叢刊、圖書文獻專刊等叢書，至今已出版專書80種，共118冊。