本院隸屬於總統府，預算則受立法院監督。政府對本院的預算一向支持，八十九年度預算數為新台幣四十六億八百餘萬元，較八十八年度增加幅度約百分之十二點八四。預算比例中數理科學研究佔百分之二十一點三，生命科學研究佔百分之二十二點八，人文及社會科學研究佔百分之二十點九，一般建築及設備佔百分之十二點八，學術評議佔百分之十四點二，其他佔百分之八點五。