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國內少有針對學術年資較淺的學者設立獎項。本院自1996年起開始頒授「年輕學者研究著作獎」，獎勵學者深入思考，發表優秀著作。這項甚具激勵作用的獎項，已為國內外培育出許多優秀研究人員。今年「年輕學者研究著作獎」頒獎典禮於2013年6月4日（星期二）在本院資訊科學研究所一樓演講廳隆重舉行，由翁啟惠院長主持。獲獎者親屬亦獲邀出席，分享榮耀與喜悅。

今年共計15位得獎者，每位獲頒獎金新臺幣20萬元、研究獎助費新臺幣30萬元，以及獎牌一面。頒獎典禮每位得獎者並以3分鐘簡介其著作。

本屆年輕學者研究著作獎共有145件申請案：數理組67件、生命組31件、人文組47件。申請案件皆經過各分組預審、初審、複審程序，再送三組聯席審查委員會討論，始決議得獎名單。

今年獲獎年輕學者名單如后（依姓氏筆劃排序）。

數理科學組（5人）：
        江國興（國立清華大學天文研究所教授）
        李連忠（中央研究院原子與分子科學研究所副研究員）
        張介玉（國立清華大學數學系助理教授）
        莊永裕（國立臺灣大學資訊工程學系暨研究所教授）
        陳  智（國立交通大學材料科學與工程學系所特聘教授）

生命科學組（5人）：
        涂世隆（中央研究院植物暨微生物學研究所助研究員）
        陳健生（國立中央大學系統生物與生物資訊研究所副教授）
        楊欣洲（中央研究院統計科學研究所副研究員）
        楊盈盈（國立陽明大學醫學院醫學系內科學科副教授）
        楊逢羿（國立陽明大學生物醫學影像暨放射科學系副教授）

人文及社會科學組（5人）：
        王一奇（國立中正大學哲學系暨研究所副教授）
        陳珈惠（中央研究院經濟研究所助研究員）
        黃國昌（中央研究院法律學研究所副研究員）
        萬毓澤（國立中山大學社會學系助理教授）
        簡旭伸（國立臺灣大學地理環境資源學系副教授）