壹、部落組織
二、年齡階層制度
三、麻達與公廨
貳、歷代治理
一、荷蘭時期之治理
二、西班牙人之治理
三、明鄭時期之治理
平埔族之原始社會，以部落為單位，自立領袖，以年齡階層形成部落社會。然因外來政治力之伸展，以及文化之滲透，至本世紀初，其部落組織，已不復殘存。阮昌銳氏曾從民國五十七年起，多次在宜蘭縣下，訪噶瑪蘭族後裔老人，從該族老人聽取往事，窺查出平埔族往昔社會組織之一端。往昔宜蘭平原上之噶瑪蘭族，各部落自成一自治單位，曾有頭目與副頭目，至日據時期頭目仍任保正，原副頭目即任書記。按日據時期之保正係由部落中，孚眾望者任之，為援清末之保甲制度者。關於平埔族之原始社會組織，在古志上，缺乏詳確之記載。現據散見於中西古文獻，將平埔族社會組織分為荷據以前與以後兩部份，記其扼要：
平埔族在未受外來政治力統治前之政治組織，乃以部落為單位之長老政治制為特色，為了解決部落內（內團體）之糾紛，或對敵對部落（外團體）之戰爭，設有長老會議，並設有酋長（頭目）作為領導和發號施令者。據荷文資料「被忽視之臺灣」載：「部落皆散處獨立，不相統轄，既無王號召全島，亦無將軍，酋長號令全島。部落之政治組織，選協議委員十二名，遇有事開委員會協議，委員會番語曰『加治』，委員年齡四十歲前後為標準。」，得知尢世紀之平埔族，仍在部落領袖制度下，各散處獨立。各部落重要事務，由長老者（四十歲左右）所組成之會議討論決議而處理之。
在平埔族原始社會中，因部落中人數少，既無資本之累積，亦無人為之不均，部落有同等機會以獲取食料與利用自然，故貧富或職業別之階級無從產生。部落中之階層化，僅能由性別、年齡別或親屬別而劃分。平埔族各部落內之政治組織，主要根據年齡別，將男子分為長老與丁男，前者指四十歲至六十歲間之男子，有參加部落會議之其中義務，推選出一人與數人領袖（頭目），以負責推行長老會議所議決之事務。後者即所謂麻達者，凡年齡十七至二十一歲之未婚者，共同合宿於公廨（青年集會所），聽從長老之指揮，從事於對外部落戰爭或為獵團之成員（在清代麻達負責傳遞公文，服差役者）據「被忽視之臺灣」載：「丁男指十七歲至二十一歲者而言，丁男與年齡較幼者同居。四十歲至六十歲之間，則與番婦同居野屋，極罕歸村，殆隔月一次，惟村有祭祀之必歸。」其老人之地位被部落人尊重，年齡成為階級劃分之主要根據，財富並未構成階級分化之因素，此可據「被忽視之臺灣」所載：「番人家族中，無家長奴婢制度，階級既同，權利亦同，互致殷勤，不畏財富，不重地位，尊敬老人，少者遇諸途，背立讓道，而俟其過，語時亦以背向，且聽且答，未尚有驕矜傲慢詞氣。老人有事，囑以行遠，罔敢弗從。食饌先饗老人，後及少者。」而明瞭之。「巴達維亞城日記」中載：「至三十四歲或三十六歲，已不出征……」，顯然平埔族部落內依年齡，屬於丁男級者，其職責中，對外部落之戰爭，居重要地位。凡在戰爭中屢獲功勳者，被部落人推崇，極可能因此成為軍師。其受部落人之擁戴，據「巴達維亞城日記」載：「彼等之間未見首腦人物，通譯對余等亦言如是，大小同等，彼等所最稱讚為武勇者，乃馳驅戰場多取敵人首級回家，男人除此以外無所事事，如此則被認為村中最優秀之人物。」同日記又載：「該土番（麻豆、蕭杄、目加溜灣、新港）各互自主，而不顧處在一首領之下，常相戰鬥，而於戰鬥最強者，即最大之勢力。」從戰爭中之表現最勇敢者，乃由其部落，付予領袖之職位，以統制全部落，然凡有關部落內之重要決策，仍須透過長老會議通過後實施之。據馮秉正致友人柯羅尼亞（P.deColonia）書中載：「每一個社選三、四個，以正直知名的人。他們經這次選舉就成了地方上的首領和判官。他們對一切異見有最後判斷權；如有人拒絕接受他們的判決，就立刻會被驅逐出社，不能希望再回來；也沒有一箇社敢收容他們，他們向漢人進貢珍珠。為處理一切有關這一民族的事務，每一社有一漢人，也懂得他們的話，同時也充任官廳的通事」。然而據「巴達維亞城日記」所載，所謂加治會議（長老會議）之議決事項，似非有絕對權威性。該日記載：「委員任期二年，每一年拔取其額毛及緥𡟹之毛，以為證件。協議委員之權限，決非至高，委員會所議定之事項或命令，不能一一強全村之人奉行。何則？事有關於全村之設施，及欲改廢在來之設施，及欲改廢在來之設施時，須先開加治委員會，討論成案後，再開村民大會，會場大抵在祠前。此際先由委員，就所決議可否兩論，交番說明，務使全村人盡了解，秩序整然，說明者娓娓不倦，聽之者亦肅靜恭維，逐次檢討可否成案；可時，從委員會成案；不可時，從村眾決議。」，亦即眾議認為加治會議之議決案不妥時，仍可舉開全部落會議給予否決之。
關於平埔族之部落領袖制度，記載較為詳細者，有甘迪紐斯（Candidilus.Rev.Georgius.）著「臺灣島要略」載：「此等部落，概言之，並無元首，無超越個人之優勢者統治之。與文化國家類似點，即唯有十二人會。彼等每兩年改選，其年齡限於四十歲以上，而且須同年輩者，雖不知計算時間，但有區別年齡之記號。任免二年滿期之會員，自動將冠上之毛拔除，存於公廨之下，以為從事該項工作之表記。」其所述乃西拉雅族新港、蕭杄、麻豆一帶之制度。部落由四十歲以上之長老十二人組成之長老會領導，凡重要之部落事務，悉經長老會於公廨先開會討論磋商，然後再將處置案向部落人徵求同意行，付諸實施。此等長老有為期兩年之任期，屆滿即告退休，其權限並不大，而且受女巫之支持時，始能強制執行部落事務，且一切議決案，必須在公眾一致贊同時，始能具有法律效果。同書載：「彼等之權限至窄，因不具備最高權威，然處理某事件時，須對全部落人下令，赴公廨開會。在此向社眾公布事件，以事先決定之案，說服眾人服從，為此必努力盡口舌大辯論。若經眾人承認，則成不文律，不然則不發生法之效力。彼等主要之權威，在女僧（並無男僧，即女巫）為熄神怒或懲罰罪人之時」。
平埔族之間，確曾有年齡階層之分化。西拉雅族稱同年齡階層者稱為沙魯卡西萬（S??ru.Kasiwan），其在一部落中之社會地位，不以財富之多寡為決定之標準，而以年齡長幼之序而定。據甘迪紐斯所著「臺灣島要略」載有：「在彼等之間，並無地位之高低。其語言中，缺乏表現『主人』、『僕人』之語句。然彼等絕不失對他人之尊敬。最值得注意者，乃評定人時不以米之多寡而依年齡一事。若年幼者，在路上遇長輩，即必讓路，至其通過一直以背向之。只要長輩令少年者之事，不辭遠道，甚至二、三里克之地亦不敢拒之。老幼相聚會談，亦絕無由幼輩先發言之例，宴會時，亦先由長輩者饗之。」又據「番社采風圖」載：「臺番涵德化，亦有禮讓之風，卑幼遇尊長，卻步道旁，背面而立；俟其過，始隨行。若駕車，則遠引以避。如遇同輩，亦停車通問，相讓而行；不可以蠻俗鄙之也。」雖文中強調禮讓之風。因德化所致，實因其部落原有之年齡階層之所使然者。「諸羅縣志」及「彰化縣志」亦載：「途次相遇，少者側立，先問訊長者，俯以俟；長者既過，乃移足。朋儕互相問。」可知平埔族社會中，據年齡之長幼，有不同之地位與職別之分也。
已如上述麻達未婚之壯男，其年齡若據「巴達維亞城日記」，即十七歲以上至二十一歲間者。關於此大致可引用甘迪紐斯（Candidilus.Rev.Georgius.）著「臺灣島要略」中所述十六、七歲至二十歲之間。
據「諸羅縣志」、「彰化縣志」即十二、三歲以上者，云：「縣治以南，聽差者曰『咬訂』；諸羅山，打貓各社謂之『貓踏』。約十二、三歲外，凡未室者充之；立稍長為首，聽通事差撥。夜則環宿公廨，架木左右為床，無帷帳被褥，笑歌跳擲達旦。斗六門以北曰『貓鄰』。」。「番俗六考」載：「麻達走遞公文，……展足門捷，腳掌去地尺餘，撲及其臂；沙起風飛，手鐲與薩鼓宜相擊，丁當遠聞，瞬息數十里。」；「差役皆麻達所任，束腹奔走，倍為矯捷；成婚則去之。」；「以善走為雄；麻達編五色篾，束腹至胸，以便奔走。」；「又麻達用咬根任（即薩鼓宜）擊鐲鳴聲，另用鐵片繫腰間以助韻，傳送文移，行愈疾，聲愈遠，」概括之，麻達必須未婚之成年男子，而且就科層組織（Bureauoratic organization）而言，係負責處理對外戰爭，參加獵團，服務差役（官命）之一層。麻達在平埔族各部落中，實際上是一群服務部落公務的同年工作隊，以其年齡較大者為隊長。夜間合宿公廨，可隨時聽從命令待動者。其髮式即頂髮分兩邊梳結兩髻，稱「對對」，插雉尾於首，並編篾束腹，手背繫薩鼓宜。成婚則剔去周圍之髮，去其束箍以別之。麻達之屢見於古志之記載，證實平埔族之部落社會曾有年齡階級制。未成年之幼童不留髮，十餘歲留髮，成麻達，婚後又去兩髻，留頂髮等，從髮式之變化亦可知各年齡層曾以髮式、服飾區別之事實。
公廨為部落政治之中心。平常為麻達合宿接受長輩訓練之處，有祭禮時，即成為祭儀會飲歌舞之處。故公廨相當於東南亞各原始民族部落內之青年集會所。在早期西文資料中，記為「教堂」即因其祭祖靈之宗教儀禮皆在公廨舉行故也。公廨又為長老輩舉行會議之場所。「臺海使槎錄」載：社立一公所，名曰公廨，有事則集。」；又載：「土官有正副，各分公廨（管事頭目亦稱公廨），有事則集眾以議。」
自十七世紀以來，平埔族之部落社會，在歷經荷蘭、西班牙、明鄭、清朝之侵入與干涉之下，部落政治逐漸瓦解，取而代之的是外來優勢文化之管理行政體制。按此，若要了解十七世紀以來之平埔族之政治文化，必先了解其歷代諸異文化如何治理平埔族。
十七世紀中葉，在荷人據臺東印度公司長官及臺窩灣（安平）蘭遮城評議會代表名義下，與平埔族各部落訂立協約，將眾多部落納荷人統治之下，據「巴達維亞城日記」所載，明崇禎九年（西元一六三六年）二月（崇禎九年一月）當時歸順荷人之平埔族社有北路諸羅山（Tirosen）、哆囉嘓（Docrko）二社，大武杄、大目降（Tarocan）、麻豆、蕭杄等其外七社與新港社、南部之大小放拟（Pang’soija）；他卡拉陽（Taccareiang）等及其外十社之長老集會於新港，聽受布德曼士長官（Hang putmans）之訓示後，宣誓服從。在同年年底更有十三社歸順，總計已有五十七社服從荷人統治。清順治二年（西元一六四五年），召集歸附平埔族長老，組織評議會，藉以通告荷蘭當局之政令並為對平埔族施設之諮問機構。並將全島分為南北二部，三月八日召開北部評議會；四月四日召開南部評議會。據西元一六五０年之荷蘭戶口表：北部集會區村落有六十九村；南部集會區村落有九十二村；淡水地方村落有九十三村，卑南覓村落六十一村（阿美族），總計達三百十五村。此等部落各人聽命於荷蘭長官從長老中選出之首領，凡部落中之大事，皆由首領及村中長老集合而作協議。據I.V.K.B譯國姓爺改略臺灣記中一般之記述部分云：「此等各村人口均多，公司任命由村民所選出一、二人為長老，給與上部箝有公司標識之銀飾鐵枚。」；又載：「長官每年召集商人及村中首腦者開會議，稽查服務態度及行為，均告誡服從公司，而保證其安居之生活。對彼等贈送日本之頭布與帽子，開大宴會款待，有時召集七八百人之多。此為公司收攬島民之人心，確保統一之手段。」。故荷人據臺後，對平埔族以村落集會區劃分部落團體之範圍，各部落仍任其自治，保持原始社會之老人政治特徵，再從長老中任選首領，長官之命令透過首領以達村落，所以此種組織即荷人管制平埔社會中各部分間關係之一體系。
但對於反抗、不願歸順之平埔族人則討伐征之，茲將荷人討伐反抗之平埔族的事蹟，就「巴達維亞日記
」或荷文函件中，引載如下：（一）南部先住民族之討伐：天啟三年（西元一六二三年）三月，荷蘭司令官高文律（Cornelis Reijersen）初至臺灣南部，築造臨時堡壘時，新港先住民，曾取竹協助其工程，後來受漢人煽動，以荷人將久居不離，殺害隨行採竹之荷人四名。荷人乃以砲火攻擊先住民，結果四人戰死，六人受傷，遂懾於其威，與之言和。公元一六二五年一月，荷蘭首任長官遜克（Martinus Sonck）在赤崁（Saccam）築赤崁城，其地由新港先住民讓出，新港社先住民，乃舉族遷至新市。明天啟七年（西元一六二七）十二月十一日，新港社先住民理卡（Dijcka）等十六人，受日人濱田彌兵衛之煽惑，隨行偷渡日本向德川家光訴荷人之暴行，翌年五月二十七日，理卡等人又隨濱田返臺，被第三任長官諾伊志（Piter Nuyts）偵知，以叛逆罪，將理卡等十人投入牢獄。因有四人脫獄而逃，乃於明崇禎二年（西元一六二九年）一月，率大兵至新港社搜捕，焚毀埋卡等十一人住宅，並勒令社人擒拿。先住民因畏懼其威，舉社相率逃避山中。後來荷人，令該社捐獻荷人住宅一幢、豬三十一頭，各戶米一把，准其歸社。
此後荷人於明崇禎七年（西元一六三四年）討伐小琉球（GoudenLeenu）明崇禎八年（西元一六三五年）十一月二十三日，第四任總督普杜曼，出兵征服麻豆社。十二月二十五日，又親率荷兵五百人及新港社先住民四、五百人，由安平啟航，長驅攻入Takaveiang，擊斃該社先住民九人，餘逃散，乃令部下放火焚毀。因普杜曼之焦土戰術，使附近先住民，大起畏懼，明崇禎九年（西元一六三六），二月四akareiangTamsuijTapoeliamgh.sataliouw等社，派代表七人，攜帶豬十七隻，至安平投降，另有放拟社七村，相繼投降。同年五月至七月間，普杜曼又統率荷兵百餘及新港社先住民百餘及若干放拟社先住民，前往小琉球征剿。按小琉球住有先住民千餘人，前曾殺害荷輪金獅子號船員，並常迫害漢人，荷人乃決意報讎。此役荷方以圍困該島，以飢餓、放火等方法，使之就範。曾殺先住民三百人以上，俘虜男女老幼七百餘人，以船隻五艘，運返安平，壯男供勞役，女子配予新港社先住民之女為妻。此後多次派兵搜捕逃脫之先住民。並將該島嶼租予漢人耕作。
又同年五月三日瑯㛦頭目兄弟及先住民等十五人，至安平訂立和約。十二月二十日，又有Takareiang東方山中Traraawang、Honavohey、Hovongorongorey、Dadakiang、Hosukasakey、Houagejang、Hoporroury等七社長老，至安平表示服從。
公元一六四一年，上尉林迦（Jan Voan Linga）往征南部山地尚未歸降先住民。至此南部平地及淺山之平埔族，大致趨於平穩狀態。此後荷人將其兵威指向北部及東部地區之平埔社村。（二）中部土著族之討伐：明崇禎十四年至十五年（西元一六四一至四二年）間，新化方面Favorlangh社先住民，曾先後殺害漢人五名及荷蘭副商務員洛丁斯HansRuttens事件發生。在此之前該社人，即經常加害漢人。荷人之計畫討伐Favorlangh社先住民，開始於明崇禎十年（一六三七年）一月，總督布爾克（Van Der Bruck）任期內，據明崇禎十年（西元一六三七年）一月十一日，牧師猶紐斯致巴達維亞總督函件中稱：「總督布爾克，已擬訂計畫，等待諸船由日本開抵臺灣，再裝載兵士一百七十人及同盟諸村赴剿，期以武力征服之」。此計畫因該社聲勢浩大，荷人兵力不足，未依時實施。同年四月二十八日「巴達維亞日記」載：許久之間，計畫上述懲討對吾等採取不可容忍敵對行為之Favorlangh先住民，以兵力使之服從吾等事，長官預定要求當地，於八月中遣白人三百人赴援，以進行討伐，然後巡視諸村，使同盟諸村，知所畏服。此計畫，於公司實大有裨益。因可從Gnoren或向所不知之北方諸地，獲得數千鹿皮」。但此計畫，於布爾克任期中，始終未付諸實現。
明崇禎十三年（西元一六四○年）十月二十三日，牧師猶紐斯向巴達維亞總督之報告又稱：「哆囉嘓、諸羅山及其他地方住民，頗為順從，惟恐Favorlangh先住民不能保持和平，係受了盤據在Dovaro之敵所唆使，且已殺害住我庄中之華人數名，雖然不久，彼等又歸平靜。若於明年中，能懲罰Dovaro之住民，距我等遙遠北方諸村，亦勢必表示服從而歸平穩」。
明崇禎十四年（西元一六四一年），第六任總督杜拉第紐斯（PawlwsTradonius）任期內，十一月二十日，率荷兵及航海員四百人及中國三板船三百隻，由安平啟航，往征DavoloFavorlangh等叛變部落。二十三日登陸笨港，以三板船繞成一防衛堡壘，留下一部糧食及軍需品及留守人員荷兵二十人，華人一百五十人，其餘全軍赴敵地。是日黃昏，牧師猶紐斯領騎兵十五人及十處歸順部落之先住民一千四百人來會師。二十五日抵達Davole社，先住民族迎戰於外平原上，因荷軍火器猛厲，先住民不支，遺棄死屍三十而潰走。荷人占據Davole社後焚燬住屋一百五十間，粟倉四百座，砍盡村中果樹。荷方僅損隨征先住民一名。因隨征先住民，為爭奪Davole先住民之首級，幾釀成內鬨，於是杜拉第紐斯，即日遣回隨征先住民一千二百人。
二十六日荷兵繼續前進，佔領貓兒干社，因該社懼荷人兵威，未敢反抗，推舉長老一人及頭目二人，至軍前乞降，自白云社中有青年數人，曾受二林社先住民之煽惑，殺害在該社西方登陸之荷人三名，並述各種原委，懇求寬赦其罪，杜拉第紐斯遂准其歸降，並嚴禁荷兵燒燬民房。
二十七日晨續向Favorlangh社前進。雖於荷軍未入貓兒干社之前，曾由Favorlangh社派人至軍前，向杜拉第紐斯議和，然未得妥協。當荷軍開入該社時，其社人全部逃避，乃焚燬民房四百，栗倉一千六百座，次日荷軍繼續縱火，土著畏懼全社盡歸灰燼，急派長老一人，向杜拉第紐斯哀求停止燬村，表示願意投降。杜拉第紐斯令屬下保留二、三區（每區十六戶或二十戶），餘盡燬之。並嚴諭該長老，須於二十日內，選派三社代表人（即Davole、Gielin、Favorlangh三社），攜帶被害荷人三首級及兇手，至安平聽令，若不遵令將再出兵毀滅全社。荷軍撤兵，經由原路還笨港溪整隊乘船，經由蚊港、蕭杄，於十二月二日，返抵安平。Favorlangh等社之代表於明崇禎十六年（西元一六四三年），抵安平，由評議會議長哈爾丁代總督接見，准許各社投降，當時所擬投降條件，為不得加害荷人及同盟社人不許藏匿加害者於社中，未經總督許可不許與鄰近諸村戰爭，對荷人及同盟社人應表示友誼，須聽從命令並供出勞役或食品等項。二月二十三日總督杜拉第紐斯返抵安平，先住民代表再奉令拜謁總督，諭示前擬各條件，責各社遵守，並令每戶每年須繳納穀物十把，鹿皮五領，各村築房一座，供荷人駐屯，不得擅准華人在其獵場狩獵，不得越界狩獵。
（三）北部先住民之討伐：明崇禎十五年（西元一六四二年）八月二十六日，荷將哈勞贅（Handrik Halwze）攻克西班牙人所據雞籠及淡水後，其勢力始伸達淡水、噶瑪蘭地方。明崇禎十七年（西元一六四四年），荷蘭派兵五十人駐守雞籠，八十人駐守淡水，是年二月，荷軍從淡水出伐Sotmior社，遭先住民伏擊，損失荷兵二十一人，漢人、先住民及黑人四十五人而還。當時僅有基隆附近Kimourij四社及淡水附近十社，輸納鹿皮或煤炭，表示歸順外，尚有東方四社，淡水附近八社，反抗荷蘭，尤其kakitopaen之敵意頗熾。
明崇禎十七年（西元一六四四年）九月初，荷軍上尉波昂（Boon）率荷兵三百人，漢人六十人，分乘三隻戰艦，九月十八日，抵達聖羅倫斯灣（St.Laurens），然後循海岸駛入噶瑪蘭灣，招撫Kimourij附近先住民十二村社。惟有Sochel與Kakitapan二社不肯聽命，乃攻伐二社，舉火燬二社存糧，先住民拼死力戰，不敵而退，斯役荷兵二人中箭而死，受傷者二十三人。然該區有四十四社，懾於荷人武力，相繼歸順。
明崇禎十七年（西元一六四四年）十月一日，蒙率軍返雞籠，懲罰三貂社。十月十二日，南征綏服淡水至Patientie山間之九處先住民村落。並舉兵攻伐抗荷之Tackamaha社先住民，該社數度出擊，荷軍給予反擊，燒毀收藏多量土槍、弓矢之Bodor。
明順治二年（西元一六四五年）一月二十二日，上席商務員雪查爾（Cornelis Cesser）及斯汀（Hondrieg Steen），偕上尉蒙，率精兵二百十人，討伐Tackamaha社，以企圖打通安平通往淡水、雞籠間通道。此役荷軍曾被追入狹路，幾遭敗績。然因得以繞道迂回先住民之後，焚其數村，斬殺數人，始得迫先住民投降。於是繼續北進，向Tavacul進剿。此設荷軍共破壞先住民村落十三，擊斃先住民一百六十二人，生擒未滿十歲孩童十六人。二月十六日凱旋安平，至此北部平地，淡山之先住民各村社，略歸順於荷蘭，安平至淡水、雞籠間陸路暢通無阻。
總觀荷蘭據臺三十七年間（天啟四年至永曆十六年西元一六二四年至一六六二年），其目的在於爭奪海上航運之據點，以發展其商業利益為依歸。對在臺漢人鼓勵從事農業，生產糖米，或從事漁獵𤤳社，並徵其人頭稅以謀求經濟利益。對慓悍之平埔族，初以強大武力彈壓，以為馴服之手段。凡歸順之先住民，即令各社推舉代表，使其自治，設置評議會，每年集會一次，以佈達公司之命令，並為籠絡之機構。
有關西班牙如何治理北部平埔族，目前文獻甚缺，唯知其採撫化政策，對平埔族人之管理不甚重視。
西班牙人為欲保護其在中國與呂宋間之貿易，即企圖佔領臺灣北部。先是於明嘉慶十二年（西元一五三九年），派遣船隻三艘北進，中途遇風，一沈二破，乃折返馬尼拉。明崇禎五年（西元一六三二年）五月，復自呂宋島北端之亞巴利港口，派遣帆船十二艘，作第二度侵臺。因荷人已佔領臺灣南部之西海岸，故西人乃改變航路，向東海岸前進。先發現三貂角，續北進及基隆港口。於明萬曆六年（西元一六二六年）五月十日，佔領社寮島為根據地。在其地與基隆港口海岸等處，築砲臺四處，建天主教堂，後於明崇禎二年（西元一六二九年）回航淡水港，又建天主教堂。西人之著手撫化山地先住民，在基隆為西方之基馬里（馬鄰坑）及西北之大巴里（金包里），在淡水為班豆（滬尾西北）及巴里窟（番仔頭）。嗣為便聯絡淡水與基隆間之交通起見，開闢一路通之，明崇禎五年（西元一六三二年）三月，西人溯上淡水河，入臺北平原，稱該河為基馬遜河，沿基隆河岸，闢一陸路通基隆。沿路之基巴豆、里招古、卡馬古、貓白及新店溪一帶之布羅灣，三貂角之卡起那灣等諸部落，相繼就撫。西人於佔領就緒後，即進行教化工作，先在基隆設學校，教育山胞，且計畫教育漢人及日本人。西人對先住民之統治政策，多採武力壓制，故其宣撫效果，遠遜於荷人。西人於完全佔領臺灣北部後，因其自呂宋至臺灣北部間之船隻，遭風漂失而遭先住民劫掠及屠殺之事，時有所聞，為保護該二地間之船隻航行安全計，乃擴展其勢力至臺灣東部。明崇禎五年（西元一六三二年），西船甘保查號遇風漂至哈仔灘（宜蘭），全部船員，悉為先住民殺戮，西人圖以武力佔領，未遂。該地多產金、米，鳥獸魚肉等頗豐，且為呂宋至臺灣北部必經之地，西人曾計畫自臺北平原橫斷中央山脈，闢一通路至此。綜觀當時西人所估價之地區，北及基隆、東迄蘇澳、卓蘭，南至臺北。以其統治時短暫無普遍而深入，其急要措施，重在對外之防備。其對先住民政策，並不重視，僅對居住於交通關係地帶之先住民，施以宗教上之教化而已。其鼎盛時期，為明崇禎七年至八年（西元一六三四年至一六三五年）之紗然德馬旭太守在任時期，當時荷蘭人在臺灣之二大顧慮，一為日人，一為西人。對日人為恐影響日、荷二國之貿易，故多方遷就。惟對西人不同，因西人據守臺灣北部二港（基隆、淡水），直接影響荷人對外貿易之利益，故亟須加以驅逐。先有明崇禎二年（西元一六二九年）七月，荷、西二軍，淡水之後，結果荷人敗績。續於十二年後（西元一六四一年）荷、西臺北之役，西人終告不敵，於同年九月四日，退出臺灣。西人佔據臺灣北部，前後計十有六年。
鄭成功於驅逐荷人之後，如著手籌劃開發山地。立諸鎮屯田法，寓兵於農，墾拓山地等政策，逐一付諸實施。考其治理土著之方針，係採恩威並濟之法。立法綦嚴，先住民順之者撫之，逆之者膺之。其對漢人與先住民貿易者，概依荷蘭人之舊例，徵收高種鹿皮，以為𤤳社之稅。收皮之數，每年不過四、五萬張，大小兼收。
鄭成功為鞏固臺灣，充實戰力，圖一舉滅清。乃實施屯兵墾田政策。對各鎮將士，各分與土地，大事墾殖，輪流更替，期無閑丁逸民。鄭經執政（康熙四年），用參軍陳永華之議，益行鼓勵諸鎮積極開墾。因以製糖、鹽、滷磚等業，大為興起。此等墾殖，均在先住民之原有地域行之。並於漢人與先全民之交界處，設土牛（土堆狀似臥牛）以防先全民之攻擊。其開墾區域，大要如下：
（一）諸羅（嘉義）地方：開墾一帶平野居於東方山邊之先住民，不歸順者驅之。
（二）水沙連地方（今之林圯埔至斗六間）：開墾此地時，鄭氏部將曾以武力將林圯埔一帶山胞，盡開驅走。
（三）半線（彰化）地方：由笨港上陸墾殖之。
（四）竹塹（新竹）地方：由大甲溪口邊上陸墾殖。
（五）淡水（臺北）地方：由淡水港口上陸，溯上淡水河，墾殖臺北平原之一部。
（六）雞籠（基隆）地方：康熙二十年十月，北路總督何祐修築荷蘭人舊城址守之。
（七）瑯㛦（恆春）地方：由今之車城上陸，攻打反抗之先住民，駐屯槺榔埔地方（統領埔）。
又明鄭時期為期三世二十三年，其間寓兵於農，設屯開墾，有關征討先住民事蹟，大致載於清代志書，茲將其要列舉如下：
（一）鳳山方面「傀儡番」之討伐：據「番俗六考」載：「傀儡、負嵎蟠踞，自昔為然，紅毛、偽鄭、屢思剿除，居高負險數戰不利，率皆中止」。
（二）「斗尾龍岸番」之討伐：「番境補遺」曰：「斗尾龍岸番，皆偉岸多力，文身文面，狀同魔鬼，出則焚掠殺人，土番聞其出，皆號哭走避，鄭經統兵，往剿深入不見一人，時亭午酷暑，軍士皆渴，競取甘蔗啖之，劉國軒守半線，率數百人至，見經大呼曰，何為至此，令三軍速刈草為營，亂動者斬，言未畢，四面火發，文面五六百人，奮勇挑戰，互有殺傷，餘皆竄匿深山，不能滅，僅毀其巢而歸一。所謂斗尾龍岸番，據伊能之推察，係今日北港溪上游一帶之先住民。
（三）「大肚番」之討伐：據「臺灣外記」云：「七月（明永曆十五年）張志、黃明縱令營中楊高，凌削先住民，大肚番阿德狗讓，殺高反，鄭成功令楊祖征之，祖與讓戰，中鏢鎗死，其鋒甚熾，欲出援荷蘭，功復令黃安、陳瑞二鎮往征，安設伏誘戰，遂斬阿德狗讓，撫綏餘當班師」。據伊能嘉矩，所謂「大肚番」乃當時赤嵌一類，占據臺江沿岸之平埔族也。
（四）貓霧搸附近平埔族之討伐：鄭成功據臺未幾，鎮撫北路將劉國軒，駐屯貓霧槺先住民之地方，即行討伐附近平埔族。「番俗六考」云：「沙軋番原有數百人，為最盛，後被劉國軒殺戮，只餘六人，潛匿海口，今生齒亦有百餘人」。
（五）貓兒干南社之討伐：據「諸羅縣志」外紀所載，貓兒干南社曾於鄭氏據臺時，征討南社之平埔族，屯兵於黃地崙。番俗六考記貓兒干有讀書識字者，或因歸附後，受漢化教育之故也。
（六）「沙連番地」之征討：相傳成功麾下林圯者，歷戰有功，陞至參軍，隨至臺灣，鄭經時率屯丁二百餘，經牛相觸，溯濁水溪，驅逐先住民至東北方之東埔蚋附近。先住民乘夜逆襲，林圯及屯丁百餘悉被殺，退至山後大水窟，開墾埔地稱「林圯埔」，即為今日「竹山鎮」。
（七）新港、竹塹等社平埔族之討伐：據「海上事略」載：「康熙二十一年，偽鄭守雞籠，凡需軍餉，值北風盛發，不得船運，悉差土番接遞，男女老樨供役，督運辦日酷有加，施鞭韃，因相率為亂，殺諸社商往來人役，新港仔、竹塹等社皆叛。鄭克塽令左協陳絳率兵剿擒，土番盡遁入山，叢林疊澗，無由緝捕，仍不時出役剽掠，議就要道堅柵防困之」。
總之，鄭氏治理先住民之地域，專致力於西部平原之開墾，其政策均隨其滅亡而中絕。對先住民之統馭與管制上，因乏善策，終無成就。
清朝領臺之後，初未設專理先住民之特殊行政機構。各地之先住民治理業務悉委由地方官吏掌管。惟由拓墾之地日廣，移民侵入禁界事件以及與先住民間之糾紛層出不息，山地土著族出沒近山村莊戮害民人之事件愈多。乃於乾隆三十一年十一月設置「理番同知」，北路理番同知設於鹿港，南路理番同知設於臺灣府。嘉慶十五年闢噶瑪蘭之地設廳，令通判掌管「民番」政務。至同治十三年實施「開山撫番」政策，獎勵漢人之移墾，於光緒元年撤廢海防機構，並將平地先住民（平埔族）改置於普通行政下，移南路海防同知（兼理番同知）於臺東卑南，改稱卑南同知，以處理臺東一帶之「民番」事務。在其下設置撫墾委員，以掌理「開山撫番」事宜。又移北路理番同知於埔里社改稱中路撫民理番同知（後於光緒十四年改稱埔里社通判），改基隆海防同知為北路撫民理番同知（光緒十四年改稱基隆通判）噶瑪蘭地方之「理番」事務任由宜蘭知縣，瑯㛦地方任由恆春知縣掌管之。
光緒十二年，巡撫劉銘傳，擴展原撫墾委員之組織，設撫墾局，於全省各先住民族群居住地設置總局、分局，以掌理撫墾事務。
（一）治理先住民之行政措施：乾隆二十三年、禮部奉文令平埔族倣漢俗等措施，均為表明綏撫懷柔政策之
一端。儘管在政令上，處處為先住民設想，然潛伏於內之情弊，已是積重難返，實為理番前途之一大隱憂。 至此，凡先住民交涉事件，在縣由知縣，在廳由同知或通判辦理。並未設有專掌土著事務之行政機構。隨著臺灣之墾荒工作，日漸進步，益有嚴行管束，以奠定內疆之必要。
1、南北二路理番同知與撫墾局：乾隆三十年，閩浙總督楊廷璋，疏奏請特設南北兩路理番同知，另行專
管，以明責任。疏中略以：「邇來番地，多為漢人所侵佔，致番民生計日艱，生口日減。而民番間之紛爭，日出不窮。實為臺灣之隱患，宜預為思患預謀之計，應倣粵東治理猺人之例，設同知專管。二、將淡水、彰化，諸羅一廳二縣所屬之番社，設理番同知一員，將泉州府西倉之同知裁汰，添改為臺灣府理番同知。其編制員額及經費，統由裁汰之數移抵，裁彼充此，僅須頒給臺灣北路理番同知關防即可。至於南路臺灣、鳳山兩縣，社番民甚少，擬以此責請臺灣海防同知兼管，酌量裁添，無須添官糜帑、而番務又不致於廢弛。自此，番政自可日納正軌，奸民亦無所施其伎倆，海外數萬戶熟番，將永為臺郡禦侮之藩籬，邊疆自臻寧謐矣。」同年末，上諭議准，分設南北二路理番同知。北路理番同知衙門，設置於彰化（即舊淡水同知衙門）。管轄淡水、彰化、諸羅一廳二縣。南路理番同知，令臺灣海防同知兼管（在臺南），管轄臺灣、鳳山二縣。
理番同知之主要職責，在於處理先住民交涉事件（概為熟番事務），對於未歸化先住民，仍然劃界，厲行禁令。只令漢人通事管理貿易，其有遵化之傾向者，�J劃屬歸化先住民，加以撫育。茲將理番同知所掌管之事務，項列如下：
⑴取締漢人典購先住民田地，以防遏侵佔之弊。
⑵每年巡視各族社，每五年丈量地籍一次。如有侵害越界者，責歸先住民。
⑶漢人娶民婦女先住民，佔居先住民土地者，拏交逐出之。
⑷管理先住民土地義學，督勵學童就學監督社師。
⑸鼓勵先住民改易漢俗，並指導從事生產。
⑹防禦未歸化，先住民保護人民。
⑺官吏入先住民地界採買及需索供應者，經查予以處分。
⑻選拔先住民人才，充任土目（土官）舉用通達事理之先住民或漢人為通事。令土目統率社內是男女，辦理官府所指定之社務。
⑼依舊以漢人為先住民社族之通事，令掌管貿易，並勸導其歸化。
⑽管理一切輸餉事務。
光緒元年改北路理番同知為中路撫民理番同知，移於埔裡社廳，將基隆海防同知改為北路撫民理番同知（光緒十四年改為基隆通判）。以南路理番同知為南路撫民理番同知（卑南同治），移於卑南廳。裁撤直隸廳之理番同知，噶瑪蘭之理番改由宜蘭知縣，瑯㛦地方改由恆春知縣掌管，而將其從前管轄之漢化先住民社族，改歸地方管治下，一照街庄之例，均與漢人同受約束。
光緒元年，撤裁南北路理番同知，改設中路、南路撫民理番同知後，在同知之下設撫墾委員，以負責處理撫綏開墾業務。
光緒十二年巡撫劉銘傳，擴展撫墾委員之組織，設置撫墾局，於全省各未漢化先住民居住地設總局、分局，以總辦會辦墾殖業務。總局設於大嵙崁，東勢角、叭哩沙、卑南三處，其下款屬十二分局，林圯埔、蕃薯劵（後移隘劵）、枋劵、恒春各設撫墾局。
2、噶瑪蘭之先住民糧捕通判：嘉慶十五年（西元一八一０年），哈仔難（宜蘭）新入版圖，遂在理番之設施上，生一新事例。緣蛤仔難於乾隆五十六年間，即為漳州人吳沙，集眾私墾之地，亦為閩粵流民，視為逋逃之藪。日久聚者漸多，官府懼其作亂，曾遣諭羈縻之。會林爽文之抗清事件發生，恐為林部逃竄此地，當時之同知徐夢麟，乃一面准許吳沙從事墾拓，一面令其堵防林部。嘉慶元年九月，蛤仔難之墾闢，已頗就緒。六年，該地之所有平原，已墾闢殆盡。嘉慶十一、十二兩年中，有海盜蔡牽及朱濆，曾前後二次進犯烏石港及蘇澳，均由歸順之先住民頭目，協助鄉勇，引導官軍，分別固守或擊退之。於是遂有收蛤仔難入版圖之議。臺灣知府楊廷理，奉委辦理該事宜，試行實地踏勘，曾上陳收入版圖之利。十五年四月，閩浙總督方維甸，奏請收噶瑪蘭入版圖之摺，摺中略以：「一、詳述該地之四至形勢及港灣、地區名稱、居民及番社名稱等。二、該地未漢化土著民之竭誠懇請歸化之情形。三、該地居民之種類及人數。四、擬未來對該地治理計畫。五、陳述該地收入版圖之有利條件。」先是，臺灣當道之間，對噶瑪蘭棄留之利害關係，所見互異，致設治之議，遲遲未決。當時有謝金鑾者所著之蛤仔難記略一書中，曾暢陳開蘭之利，其中有「七不可」之條陳，可謂一慮事周詳，識見深遠之論述。益以國家籌邊之策，仁者之政相規誡，率促成噶瑪蘭入版圖之議成實。嘉慶十六年（西元一八一一年）九月，閩浙總督汪志伊，上「勘查開蘭事宜狀」。翌年八月，設民番糧捕通判，置一廳，噶瑪蘭始正式歸入版圖。
3、官隘與民隘：漢人之移墾於臺灣，在漢人與先住民之境界要衝處，私自設防「番」壘牆，以資自衛。此即私隘（民隘）之開始。今日仍有諸多地名，例如臺中縣石岡鄉之土牛村，苗栗縣頭份鎮之土牛、土牛口，臺北市之木柵區，屏東縣內門鄉三平村原稱木柵，南投縣之柴城，均由來於曩昔設隘之處故名之。此等設隘之位置，隨漢人墾殖之擴展逐漸移動。
官隘之設，開始於康熙六十一年福建巡撫楊景素勒石於「民番」之界為嚆失。一面禁止漢人越界侵墾，一面制止先住民出入民莊殺害民人。嗣後「開墾番地」之業主設寮於隘，傭役駐守稱隘寮丁。乾隆五十三年福康安倣四川屯制創設屯營之例，改設官隘，道光以後吏治鬆弛，隘改漸衰，竟成虛有其名。光緒十二年劉銘傳刷新「理番設施」改革原有隘制，先將官隘、民隘悉數廢除，更依屯營之制召募隘勇，配備於中、南、北及東部，築無數碉堡，以警衛要衝。惟邵友濂繼任巡撫之後，採取緊縮政策，隘制又告衰廢。
清代之臺灣防隘制度，起源於民間私設，官設之隘，乃後來興起者。至於民隘之位置，乃隨著先住民地界之開墾情形而定，墾地前進，則隘址亦隨之俱進。其防禦區域，並無一定，由先住民地界之開墾業者，僱傭漢化先住民，有時或用漢人以為隘丁，設隘劵派隘丁駐防，而隘丁或分給土地耕耘，或支給隘租以為口糧。蓋當時淡水廳下一帶，似因位處僻陬，且幅員遼闊，故隘防制度，亦最為發達耳。民隘改為官隘之經過：乾隆五十五年，實行設屯，當道同時奏請，將從前民隘中之緊要區域，改歸官辦，其奏議云：
「隘丁請循舊安設，以重邊防；臺灣近山之地，照舊設立隘丁，但從前或分地授耕，或支給口糧，均係民番自行捐辦。今該處地畝歸屯，應以官收租銀內抽給，仍責成各隘首，督率隘丁，實力巡查，與營汛相為表裡，使番民益得安心耕鑿。」軍機大臣及大兵部對此酌議云：「……查臺海各隘口安設隘丁……其應需口糧，向係民番自衛捐辦，今該處田園全數歸屯，所需隘丁口糧，自應照數由官給發等語，亦應如所請，令行該地方官照議辦理。」
此議獲准，始設置官隘，此乃官隘之起源也。
官隘與屯防，同為防禦先住民之機關，而從前之隘因，悉數歸入屯田，由屯餉項下，支給隘防經費。隘劵之位置，後來因屢次變動，其詳細地點，無從考證。然其注重北路，則為事實。南路僅鳳山縣下之一部份有專設，此外由屯兼辦。當時隘防之配置，大略情形如下：
「淡水廳志」：「乾隆五十三年，奏設官隘六座，原募丁一百二十五名云云。」
「彰化縣志」：「彰化隘劵原設一十六處，守之以隘丁，統之於隘首，給之以隘租云云。」
「鳳山采訪冊」：「險隘，一在山豬毛口隘劵社，一在南太武山南坪山麓漏陂社，一在崑崙坳山麓茄藤社，一在嘉早山麓力力社，一在三條崙嶺放社，以上五處，原各設隘首一名，今裁。」
其隘丁口糧支給方法，以舊缺失，難知其詳，茲就淡水廳下一例言之：
官隘由官設立，乾隆五十三年，奏設官隘六座，原募丁一百二十五名，每名年給糧銀參拾圓，惟九芎林一隘，官徵屯租全給，餘糧官給四成，民給六成，每年屯租內，共給口糧銀壹仟陸佰捌拾圓，民給在外（淡水廳志）。
當時官府對於設施防隘之方針，據乾隆末年，北路理番同知陳盛韶所著之問俗錄中一節，列之於左，可知其大概：
「內山生番嗜殺，屢曾擁出為亂，朝廷命就交界處，築土牛為界，丈給隘租數千石，建隘劵，選隘丁防守，著通事隘首統管。厥後閩粵人越界墾荒，漸漸侵迫番境，被其刺殺者無數，然則守隘勿禁乎？曰否，界失則隘失，昔之土牛，已成腹地，離番數十里。然則隘租虛糜乎？曰否，隘租被漢奸鯨食，存者不過十二。然則隘丁絕無乎？曰有，農人耕耘收穫，漢番合力輪流護衛，軍工匠人製料，隘丁按日防守，舊有隘租者，給隘租，無隘租者，別籌伙食，官不為理，民未嘗不為自理，因無事時疏不及防，被其戕殺耳。勘移隘口，添設隘劵，清理隘糧，選充隘首，稽查隘丁，理番廳之責，民命攸關，不容疏忽也。」
4、通事制度：清領臺後，直至乾隆三十一年，雖未設專事治理先住民之行政機構，然清領臺初期，康熙二十三年，臺灣知府蔣毓英，已躬歷先住民諸族郊原，披荊伐棘，按撫歸附之先住民，創始「理番」事務之端緒。惟地方性行政體系，係仿前代遺制置土官（即後稱之頭目）於歸附先住民各社族，以統率其社，並設有通事（後稱董事）使辦漢人與先住民間之意志疏通兼為誘導教化之責。雖通事之職位頗低，但其良莠優劣，於治理先住民之影響至鉅，故在清領臺期間之山地行政史上，占據極為重要地位。
茲就通事制度之演變與其弊端略述如下：
通事一職，初係舉用通曉先住民語言之漢人任之。唯漢人通事，因無法溝通漢人與先住民之間的情感，且後來之漢化先住民間，亦有諳漢語者，遂在其間遴選明達事理者，在大社或於通事之上，置總通事，綜理社務。從此漢人通事，已漸有被疏斥之趨勢。而通事原來之誘導馴化任務，至此亦已無其必要。至於通事，實有掣肘土目之權。光緒十二年（西元一八八六年），巡撫劉銘傳為刷新對先住民之施政，遂改稱漢化先住民之通事為董事（似之別於未漢化土著通事），而番社頭目之名稱仍舊。至此通事之主要職務，僅在於輔助頭目，擔任與漢民交涉有關番租收領事項，與從前通事之職務，全不相同。
凡有司任用此等頭目、董事或通事時，例須詮衡其人選，視其是否誠實可靠，任事認真為定，始發給諭飭，使明瞭其職責，頒發戳記，以為標示。其諭飭文中有：「查某有家有室，為人誠實，眾番悅服，堪以接充頭目云云。」，「查某為人誠實，熟番社務，茲經眾議，使充當某社通事云云。」，「務須照章秉公辦理，其戳記非公事不准濫用。」等節，可知其要件之大概也。唯官吏人等，每於新官到任時，有藉點驗通事為由，荷索費銀之弊。嗣後於乾隆五十六年，立定章程，禁革此等陋規。其內容乃飭理番同知，將頒與通事等每名戳記一顆之式樣，書名紙片，當堂發給，由通事攜之逕往刻字舖刻成，將戮呈廳存案。至此，胥役等之弄弊情事始戢。
因先住民不諳漢語，凡納餉辦差，悉由通事承理，然身為通事者，常視先住民幼樨可欺，不善書算，乃藉機關銷朘削，荷使差役，齟齬漢民與先住民間之意思疏通，掌握掣肘土目之威勢，弊端叢生。
為防止通事之弊害，曾有郁永河、王敏政、黃叔璥、藍鼎元等人針對時弊，力訴糾正。雖此，通事弊端未見絕跡，一直為土著民之苦累。至嘉慶年間鑑於漢人通事禍害難能剷除，乃起用先住民通事。迨劉銘傳刷新對先住民族施政之後，改稱董事，其職務僅以輔助頭目，擔任與漢人租收有關業務為限，至此通事之弊端絕跡。
總之，清朝前期之山地行政，因與先住民關係最密者為通事，而先住民之禍福，全繫於通事之良窳為定。當時通事之素質，良莠不齊，弊害滋多，甚有進入未開化之「番地」，招撫未漢化先住民，為迎合番意，竟從先住民行其馘首之惡俗，及收買無賴遊民入山，供作馘首之犧牲品。
5、屯制：清廷於臺徵用歸附先住民以為屯防，始自爽文役平定之後。當時屯丁人數為四千名，以土著若干社區合併成屯，設置屯千總、屯把總、屯外委，由臺灣鎮總兵點驗屯丁及拔補屯弁，統歸臺灣道管轄。屯弁、屯丁之月餉，即以撥給養贍埔地之屯租代之。屯防所需之武器，襲用先住民慣用者（弓箭為主），不另撥給，凡服役屯務之先住民，除遞送公文外之徭役悉予免除。
屯番丁之制，以防止漢人之違法越界侵耕或𣺿眾發動抗清民變為目的，但至乾隆末年漸告廢弛。因漢人墾殖歷久，已代而居之先住民紛紛離鄉他遷，屯丁來源已成問題；原撥予屯丁之養贍埔地，或離屯居地過遠或招漢佃開墾，或為漢人所侵佔，或被水沖沙壓，埔地演變成虛有其實。原有屯餉或由官司挪用或遭抗欠亦無其實；而且統理不得其人，屯務遂頹廢。至光緒十二年巡撫劉銘傳實施清丈之時，擬著手整頓屯務，理番同知葉嘉穀奉命調查屯務之積弊，並提出清理方策，惟終未見實施。
⑴創造經過：臺灣屯兵之制，起於乾隆五十一年（西元一七八六年）因林爽文舉義之事件發生，南北二路，多告淪陷。當時有已歸化之漢化先住民，協助官軍，以鏢鎗竹箭之類，擊退抗清義軍，頗建奇功。及同五十三年亂平，征臺大將軍福康安，於是年六月七日，奏請設置屯防。仿照四川省屯練之例，草擬下列以土著社區為屯之章程六條，奏請：①屯丁人數，由各社選出，在其附近地區防守。②為管各屯民丁，設立屯弁。③屯丁民丁不籌給月餉，酌給近山埔地、資土著贍養。④確定已墾埔地之境界。⑤屯丁習用之器械，令自行製備，報官檢驗。⑥免除屯丁之徭役。
上述六要網於上奏後，由軍機大臣下令兵部等，逐條擬具意見，陳請上裁。同年（乾隆五十三年）六月十七日，軍機大臣、兵部針對福康安所建議之六要綱，逐條覆議。於獲准實施後，閩浙總督覺羅伍拉納，福建巡撫徐嗣曾，即親自勘查各先住民社群情形。乾隆五十五年十一月二十三日，奏議關於設置屯防實務十二款。再由軍機大臣及兵部上奏覆議，並立即獲朝廷批准，於十二月二十八日到達福建省，五十六年正月六日，由閩浙總督覺羅伍拉納，移渊臺灣道，是月三十日，再由臺灣道轉達鎮總兵。茲將當時實施屯防之位置，路別、千總、把總姓名，及外委、大小屯，所屬社名，額定屯丁人數，及所屬廳縣名表列如下：
附註：千總為六品武官，等於今日中尉。把總為七品武官，等於少尉，外委等於准尉階級。
臺灣之漢化先住民，當時據稱為九十三社。後因久歷歲月，或與漢人雜處，或遷徙而墟其地。因此有合併數社而新成一社者，有改換社名者。故時與舊時社數及社名，不盡相符。如水沙連，阿里山，內優等社，均係歸順之未漢化土著而編入屯防者也。
⑵屯政之整飾：臺灣之屯政，初由官府經理一切。自乾隆五十七年以來，因改為自治，遂告廢弛。嘉慶十九年，再由官府收回經理。至道光中葉弊風又起。其弊風，可於道光十二年告成之彰化縣志屯政項下，見諸一斑，茲為之分述如下：屯政廢弛之三大原因：⑴先住民生性純直，如衣食可度，即不忍輕去其鄉，雖老死不出社可也。乃今則俯仰無資，紛紛散走，向時之村社，經再過焉，已為墟矣。屯丁尚缺其人，屯政安有實效，則以埔與之，徒具虛名也。⑵屯丁一名，給以埔地一甲，使墾而耕，數口之家，亦可無飢矣。無如所給之埔，皆遠其所居之社，勢難往耕，不得不給佃開墾，而歲收其租稅，於是鱷弁盜徒給𤤳者有之，虐佃抗其租者有之，蠢胥潛為埋沒者有之，此埔地之無實也。⑶屯餉雖有八元，而官設佃首收之，非諉之佃人之抗欠，即推之官司之挪移。而又屯發書串以刁難而勒索，屯弁冒領，捏假名而報銷。散給之盤剝已甚，藉端短折尤多，此餉屯之無實也。是故埔分一甲，終無尺地可耕，餉定八元，無過數百可領。既不能自食其力，又不得仰食於官，無怪其因饑寒迫切，而輕去其鄉也。其補救之辦法：屯隘之租，多在界外，官非不欲為定界，以杜私越之漸。無如利之所在，民爭趨之。彼越墾之人，惟性命尚不自惜，又何畏乎犯法哉？蓋謂除弊不如興利，凡界外可墾之地，官為經理而開墾之，仿蛤仔難之舊法，予以開曠土而生游民，則大利既興，而諸弊可革。對屯餉之支絀，乃因年遠廢弛，或被水衝沙壓，不能復墾，或被豪強霸佔，以致缺額甚多，不敷散給。補救之道，亦唯徹底加以清丈，視丈溢之租銀，裒多益寡，均攤歸補，以均缺額。然此議終未見諸實行，而臺灣之屯政，乃終歸廢弛矣。
清朝在治理先住民政務上，對之屯務之整理，確頗費苦心，然終不見其實行。光緒十二年，巡撫劉銘傳著手清理田賦事業，始同時計畫整理屯務，樹立施行方針。中路撫民理番同知蔡嘉穀，奉臺灣道陳鳴志之命，於實際調查之後，針對屯務之積弊，獻陳清理屯務五策如下：
①查屯田征餉，每年四萬一千有餘，其收支清冊，例由自卑廳分移各縣造冊，送呈憲鑒。然近年各縣或為水沖沙壓，或為旱害，征額虧損頗多。因令各縣先行本項屯田之清丈，調查地名、段落，四至八到，造具魚鱗清冊，分別報名。其被害丈溢之業，應妥為處分，以充屯餉之需要。
②選精壯：查該屯丁，久沐皇恩優渥，若一朝裁撤，土著四千之眾及其家屬，將至弱者輾轉溝壑，強者嘯眾生事。因請際此練選，汰弱留強，故缺者以其子弟補其額，並造名冊，由卑廳發給烙印腰牌使攜之，定其壯丁之額，以防餉項之虛糜。
③分調遣：即揀選先住民之丁壯，成屯後分調二千名，使巡防以為六營，仍舊大屯四百名為一營，小屯三百名為一營，或分作四營，或以二年使交替，均其勞逸，以資操防。
④備工操：全臺開省伊始，工作甚多，故令每月給工資若干，或使開山墾地，或修平道路，或修城鑿池，或開河治水，仍給線鎗一支，或洋砲一桿，使慣其用，勒以兵法，例如十日內定七日工作三日操演，認真訓練，熟習至久，自得勁旅矣。
⑤分餉需：查屯餉原因，若能清丈，溢出田園必為不少，於餉需有益。然而現在每年支給甚鉅，如增添其餉需，到底為難。惟臺灣現有土勇數營，是曾有戰功者，由憲恩體恤留用，未為遣散。伏查此土勇，兩三年來，病故逃亡甚多，今十中無一存，如當時戰功者，幾於無有。故所請每營減為二百名，或改營為旂，每旂，每旂僅留二百四十名，或如難改減，死亡逃出等缺員時，不為填募，任其漸次減少，以節餉需。其剩餘之餉，改為屯餉，俟屯丁工作既畢，訓練又精，再行留填其駐在所，分給荒埔使開墾，征租繼餉，以充屯丁之餉需，可大減國帑之費矣。
此外，屯番雖有愚蠢多疑之性，如比漢人之奸黠，尚率直可愛，而屯務之廢墮如此者，不在其屯丁之不可用，而全在於統理不得其人，若得耐勞專勉者督率訓練之，得作勁旅也必矣。蓋土著因不知生理積蓄之法，社內之生產地域日蹙，丁口日滋，遂無田丁耕種，屯務廢至如無，偶有死者，以其配地補之，然死者有限，到底無以救是等之眾。今蒙憲恩之高厚，誰不奪勇直前？各自砥礪，必可圖報效也。況當工作煩惱之時，若用是等漢化先住民開山，則先住民將感其機而立地應之，其利一也。彼江淮營勇，人地不宜，向雖從事開山，死病相繼，皆以為畏途，若以屯丁充之，無水土不服之虞，其利二也。勇餉與屯餉，較其高低，其差殊甚，若用屯得節餉費，其利三也。
臺灣道陳鳴志對該陳策，向巡撫稟請，略謂「據報如上述，其查察情況，推廣溯委，頗為詳細，其意見有可取者。唯請屯餉一節，乃係平常專辦之事，而員役伕價一切經費等，不免調查疏漏，現逢舉辦清賦良機，宜分飭各地方官，會同清丈委員，消極額征之屯租田，以防侵佔隱匿，果有水沖沙壓田園，應勘明其地段甲數等，設法使復以保存永處。其選精壯一節，本屬可行，著該廳轉達卑南同知，令一體遵照辦理。分調遣，備工操一條，應於練選成屯之後，充分操練，如何分營調防，或使工作，應隨時酌量妥議。惟分屯需一條聊有可考者，何則？營勇之增減，本無定數，而屯租常有定征之數，祗可就自然之利，加以變通，斷不能以勇餉分給屯餉也。卑見是否有當。請予審議云云。」
上列廳稟及道稟，於光緒十二年十二月九日，由巡撫札行各地方官。
按上述屯務之刷新計畫，係藉清丈之機，將被侵佔之屯田清理付還，以維數千屯丁之生活，並選強壯之先住民為屯丁，擬以屯丁從事開山，以輔新政之策施。
據光緒十三年清賦總局之稟呈，各縣曾調查徵收番租屯租隘租之田園，並將徵收額比率向該局報告。
旋因劉銘傳之積極革新，遭遇保守輿情之反抗與制肘，並惹起施九段之民變，物議百出，乃辭巡撫之職而他去。屯務之整頓初露端緒，然瞬又滯留原狀。
6、「土官」、「土目」、「頭目」之制：明清兩代之管制體系，亦設「土官」、「土目」、「頭目」等以統制其部落。 「臺海使槎錄」載西拉雅族之部落領袖謂：「土官有正副，大社五、六人，小社三、四人，各分公廨（管事頭目亦稱公廨）。有事則集眾以議。」；又在其「番俗雜記」熟番項下載：「社之大者，不過一、二百丁；社之小者，止有二、三十丁。見在各社，有正副土官，以統攝眾番；然亦文項蒙頭，無分體統；考其實，即內地里長、保長之役耳。」（此段引自東寧政事集）「裨海紀遊」載：「社有大小，戶口有眾寡，皆推一、二人為土官，其居室、飲食、力作皆與眾等，無一毫加於番眾。」；其土官有正、副土目之分。」；又「臺灣府土」及「周志」載：「土官有正、有副，大社至五、六人，小社亦三、四人。隨其支派，各分公廨。有事成集於廨以聽議；小者，皆宿外供役。」；「皇清職貢圖」載：「不設土司，番推一人約束。」。至乾隆三十一年來，將全臺分為南北二路，設置北路理番同知於新化（同四十九年兼鹿港海防事，移駐鹿港）；南路理番同知於臺南，由臺灣海防同知兼任之。南北兩路理番同知之主要職責，為管理平埔族間交涉事務。雖設有專管其間事務之理番同知，然最下層之部落組織並未起變化，亦即各部落仍由官選之頭目統制，以通事協助辦理其公事，傳達官方主管當局之政令，成為清代一個治理歸化土著族之一體系。頭目之推舉法，即從社內（部落）有力者官選之，使其提出結狀，獲准後給付戳記，以確保其職權。茲舉峰仔社所藏結狀一列如下：
「具認充摹結狀，淡北峰仔峙社潘德和二十七歲（左手一箕四斗右手三箕二斗）今當大老爺臺前結得和在本社化番幫父辦理社務熟識，茲因父親潘先彩病故曠缺，該社屯目甲首耆番社眾，公舉和接充斯卸，仰懇驗明給人發戳示，因社奉公，約束眾番，和自應小心經理收租給糧，不敢玩誤侵漁廢馳徇私情弊，如有等情，和自甘座罪，合具認充摹結狀是實。光緒十二年十一月 具認充摹結狀 潘德和」
清朝為統制平埔族各部落，除委任官選頭目實施部落自治事務之外，又派有通事駐社承理納餉辦差事務，據「理臺未議」載：「臺灣歸化土番散處村落，或數十家為一社，或百十家為一社。社各有通事，聽其指使。所屬環植耼竹，社立一公所，名曰公廨，有事則集。」。此等官派之通事與「社商」、「番割」等，曾侵漁平埔族，為清代理政上之一大癥結。
（二）清代對平埔族之征討：清廷領臺後，對先住民採取百般保護政策，除非反叛清地方政府或屢出加害官民之外，殊少動用武力征剿。亦即對先住民採恩威並濟策略，一面懷柔，一面征討不順先住民。其討伐時限於領臺初期及末期，即多在康熙、雍正及光緒年間。而在乾隆、道光、咸豐、同治各年代，殆無討伐事蹟，實非歸順之象徵，相反係對先住民治理上之消極所致。茲列記清一代主要討伐事蹟如下：
年 代 討 伐 事 蹟
康熙三十八年——三月北路三將討伐吞霄社。
康熙三十八年——五月征討響應吞霄社謀亂之北投社。
康熙六 十年——阿里山及水沙連各社稱亂，翌年諸羅知縣招撫之。
雍正 四 年——四月水沙連先住民殺害良民，北路三將伐之。
雍正 七 年——二月水師遊擊討伐山豬毛社。
雍正 九 年——陸路提督討伐大甲社。
雍正十三年——十月南路副將討伐眉加獵社先住民。
光緒 元 年——三月淮軍平討內外獅頭社。
光緒 二 年——陸路提督征討太魯閣方面先住民。
光緒 四 年——加禮宛、阿眉先住民相繼稱亂征伐之。
光緒 六 年——七月平水沙連先住民之反叛。
光緒 七 年——平討臺東方面之平埔族。
光緒 十 年——討萃芒社。
光緒 十 年——四月棟字軍剿伐東勢角方面，北勢群先住民社。
光緒十一年——九月銘字軍討屈尺群先住民。
光緒十二年——九月巡撫再伐大嵙崁方面先住民。
光緒十三年——八月棟字軍剿討東勢魚方面之南勢群先住民。
光緒十七年——總兵再伐牡丹社先住民。
光緒十八年——總兵伐萃芒社先住民。
光緒三十一年——平臺東方面平埔族之叛變。
2、北投社之平定：居住臺北盆地及其邊緣臺地之凱達格蘭族屢殺民人，及官軍至逃竄無蹤，極其難治。康熙三十八年五月通事金賢欲迎北投社土目冰冷之戚黨麻里郎孔之閨女為妻，父以女年尚幼推辭，金賢怒綁女父於樹而鞭打之，土目冰冷率眾將金賢射殺之。頃值吞霄社眾作亂，乃遣使聯繫，相約互應抗官軍。水師把總巡哨至，誘冰冷以交易計，擒縛於舟中，掛帆遠去後誅之。亂平求撫。
3、大甲西社之討伐：雍正九年大甲西社道卡斯平埔族武力者，會同巴則海族之撲仔離八社眾勾結倡亂。糾眾肆行焚殺民莊，北路居民多被殺害，淡水同知張宏章走避得免於難，狀勢洶然。臺灣總兵呂瑞麟在貓盂被圍，奮身殺出，入彰化縣駐劄，屢戰未克。雍正十年五月叛首更與沙轆、吞霄十餘社勾結，攻彰化縣，百姓奔逃，絡繹於道。此役之平討，先於十年六月調呂瑞舉彈壓，並檄福建陸路提督王郡征討之。七月四日，巡臺御史覺羅柏修之師至鹿港，乃遣參將李蔭越，遊擊黃杉林、林榮茂、守備蔡彬等圍攻巴布薩族部落阿東社，以砲火潰散該社人並分扼各隘口，以絕其逃路。八月渡大甲溪，遣金門鎮李之棟，遊擊高得志、李科，守備林如錦、呂九如等由各路追殺，官軍乘勢追擊，自大甲歷大安溪，登大坪山，直抵未歸附先住民之悠吾界，斬獲頗多。反叛先住民遂遁入日南內山，居高臨下，矢石下如雨，官軍奮勇前進，鎗砲交攻，聲震山谷，群搗其巢毀焚之。於是各社相繼獻林武力等叛魁。此役擒獲男女一千餘名，斬首級四十一，官軍死傷二十一，軍前梟首十八級。十一月五日撫脅從，誅首惡，集離民，遂班師，前後計閱四個月。乃改大甲社為德化社，牛罵社為感恩社，沙轆社為遷善社。
4、臺東平埔族之討伐：光緒十四年：水尾溪南岸之大庄，憤怒官脅迫辱其婦女，聯合觀音山、頭人埔、犁仔坑、石牌、里巷、公埔、新開園、里杄、階等各平埔族村莊，於六月反叛。時有秀姑鑾、卑南地方之阿美族起而響應，聲勢浩大。且阿美族大巴塱、馬太鞍二社眾已迫至花蓮港營汛。然被李得勝邀擊大敗，逃走投靠同族七腳川及薄薄二社，因二社已歸順，佯納之，乘酒醉睡熟，刎首四十獻官。
二日後，平埔族、阿美族合眾數千人，圍攻卑南直隸州衙門及兵營。統領張兆連督戰半月未得解圍，會有軍艦來航，由海上砲擊，派兵登陸突圍，土著族始散。事後，於拔仔庄，新開園各添一營，以永防之計。㥣.光緒二十一年正月三日，觀音山庄平埔族反叛，殺害大庄總理宋梅芳及下羅灣社通事。十五日，拔仔庄營官，花蓮港營官率兵討伐觀音庄，斬首七顆，先住民乞降。二月因拒官令獻銀納糧，又反叛而圍攻新開園營，並據璞石閣築堡壘，殺傷兵民。三月吳營官自拔仔庄、邱營官自花蓮港，分別進剿，平埔族乞降歸順。
總而言之，平埔族原來之社會組織是建立在性別、年齡別、親屬別之上。其政治型態雖以年齡為其尊卑劃分之主要依據，但基本上為一平權之社會，且無酋長、頭目等領袖階層。自荷人入侵以來，歷經荷、西、明鄭、有清等強勢文化之統領，迫使其原有之政治組織與結構改變。雖然諸強勢文化對平埔諸族均採取自治、懷柔、撫化之政策，但每當平埔諸族為自己利益而有所不順服時，則諸強勢文化即以兵戎討伐之，而平埔諸族亦難逃敗落之命運。而平埔諸族在政治上之劇烈變動發生於有清一代。初時，清廷並未設置治理先住民之特別行政機構，而採懷柔自治政策，委由地方官吏掌管。爾後漢人拓墾日增，移民侵入禁界與平埔族發生糾紛層出不息，乃於乾隆三十一年設置理番同知，更於同治十三年實施開山撫番政策。而初時之頭目、通事制度逐漸納入官方理番同知與撫墾局之制度中，加以清廷有意利用平埔諸族之力量對抗自乾隆以後日益增多的漢人動亂，於乾隆年代末期設置官隘實施屯政，更納平埔族於清廷制度之中。