本研究中心雖下設「考古學研究」、「亞太區域研究」、「調查研究」專題中心及「大腦、認知與行為科學」、「地理資訊科學」、「歷史人口」研究計畫，惟僅就每一專題中心編列新增人員，其餘均利用現有相關研究所（處）之人力配置。第一年每一專題中心人員配置一至二人，計有三個專題中心，故第一年本中心人員編制約共計五人，嗣後每年每一專題中心增加一至二人。

（一）空間

未來研究中心所需空間，在本院計畫興建中的「人文社會科學館」已有空間使用規劃。在「人文社會科學館」尚未興建完成的階段，蔡元培人文社會科學研究中心將在院方協調下利用本院既有空間資源開始運作。

（二）設備

本研究中心所需設備，初期擬利用各大學及研究機構，以及分散於本院各所（處）之現有儀器設備，故僅初步編列一、五００萬元。後續擬再覈實編列，諸如：考古學研究專題中心所需建立之研究場域與實驗室、調查研究專題中心所需之電訪設備，以及大腦、認知與行為科學研究所需之高速電腦及其他各式的研究工具等。

（一）人事費

（二）業務費

（三）資訊及設備費用

本研究中心所需設備，初期擬利用各大學及研究機構，以及分散於本院各所（處）之現有儀器設備，初步擬編列一、五００萬元，後續擬再覈實編列。