中央研究院院長李遠哲以憂慮的口吻提出，心靈改造與教育改革是密不可分的，教育若不改善，心靈改造就難以落實。
素以直言見稱的李遠哲院長，一方面推崇「李總統是個很有理念的人」；另一方面，亦不吝言的指出，國家施政不應是「去年提三樣，今年又另提三樣」、「不是這裡動一動，那裡動一動」。
這是自國發會召開以來，李遠哲首度正式的發表評述。他強調，心靈改造與教育改革若不結合的話，將是很危險的。三年前從柏克萊加大提前退休返台出任中研院院長的李遠哲，八日重返舊金山東灣，向旅居灣區院士賀年，並與記者暢述國發會後之感觸， 摘要如下：
答：政府架構之改進，或是憲法之修改，是很重要的，而且是要做的。但是，很多事情基於基本方向是對的，可是若不好好努力，非常用心的去做，還是達不到目標的。所以，我認為，國發會的共識和方向是很好的，但是我們還要加倍的、細心的探討。
答：我不曉得，我真的不曉得。
答：我想，任何一個社會要改變其體制，無論是在政治、經濟和文化方面，都是要繼續努力的一個工作。國家競爭力的提升是不是國發會召開的最主要目的？我不曉得。但是，我曉得，活在這個世界上，每個地方的人都想努力要提升自己的政治、經濟、文化上的許多事情。但從我的觀點來看，目前，在台灣科技的提升，教育的改善皆是很重要的工作，這是站在我的崗位上來講這些話。經濟方面怎麼做，我不曉得。但是，從長遠的眼光看，如我們的教育不改善，很多事情不會落實。
答：我想，很多教改會的建議應該要落實，而且要趕快的落實。我們知道，目前的教育是有問題的。很多年輕人都在補習，準備升學，沒有真正受到很好的教育。所以，我們說要改！改！從那方面改呢？我們談到課程要改，我們已走到廿一世紀，一個公民需要學些什麼？為什麼要這麼忙碌的在趕功課？都沒有能好好的成為廿一世紀的好公民。所以說，課程要改。
另外，最近我們常常談到心靈的改造，要把每個學生好好的培養上來。我們一直在說－－如果不實行小班制，在多元社會裡面，年輕人有不同的背景，而老師不了解學生的話，教育是會有問題的。所以，我們一直主張－－至少在小學一、二年級就要開始實行小班制。這種實質的工作要趕快做、要趕快做。
答：教改會提出這一報告書已交給行政院長。我們是希望看到國家的發展有一個比較具體的方向。你看，政府在去年提到憲政改革、行政改革、教育改革是最重要的。今年，則提到憲政改革、國家競爭力的提升和心靈的改造。這好像是－－去年提了三樣、今年又提了另外新的三樣。今年這三樣東西，如心靈的改造跟教育改革是有密切關係的。因為，一個人能夠有好的心靈，如果不是潛移默化、經過長時間的教育，它不是馬上你講講話，他的心靈就會改善了，不是的。所以，這些東西都是連接在一起的，我是希望政府能夠有更具體的作法，而不是這裡動一動，那裡動一動。
答：李總統是個很有理念的人，他希望改，所以常常提出來。但是，在下面替他做事的人應該要再進一步的把李總統的理念提升到更高的境界。
答：不！我不是這麼說。我的看法是－－我們應將整個東西一起來好好的看。譬如說，我們談到修憲時，一定會有人問－－修憲怎樣會影響到教育。在美國，民眾所繳納的財產稅是拿來辦教育的。台灣現行的憲法裡面只是說－－中央政府預算的百分之十五，要在科、教、文方面：省政府只有百分之廿五在科、教、文；地方政府則是百分之卅五用在科、教、文。憲法是這麼訂的。但是，現在，我們在修憲的過程中，教育經費的來源應該怎麼樣來考慮……。這整個都是一套的，不是說，去年談到教育改革，今年又打算憲政教革，兩者不放在一起。我是希望，憲政改革也好，整個社會的發展應當作一體來好好的考量。所以，我認為很多國發會的理念、李總統的理念，都非常好。但是，要做事情是要一步一步，慎重的考慮、討論，才會做得好。我現在比較擔心的是，我們常常會提出比較好的看法，但是真正要做時卻沒有能夠做出來。
答：我已經與教育部長吳京談到了。我就說，我們去年談教育改革，今年又講心靈的改造。教育部在提出做法時要趕快把這兩個東西結合起來。政府的官員是有責任要把很多東西趕快結合起來。我跟吳部長已談過了，應怎麼樣把心靈改造和教育改革趕快結合在一起，不然的話是很危險的。