在上任不久後的一場公開演講中，李遠哲提出他對中研院的期許，他說，要 將中研院建設成一個「世界級的學術大殿堂」。這個名詞對處於科技發展邊陲地 帶的台灣來說，是有一點突兀的。但以他多年在海外的經驗，及自己身為諾貝爾 獎得主的經歷，李遠哲當然有此見識、胸襟與抱負。
中研院遷台四十年來，直到最近十年在前任院長吳大猷任內，才算逐漸有點 起色，幾個五年計畫下來，中研院的房舍、研究設備等硬體建設，以及研究人力 都有相當的成長，算是替中研院打下一個還不錯的基礎。不過，與李遠哲心目中 的「世界級」比較起來，當然還有很大的發展空間。
評估一個研究單位的成績，學術水準是唯一的標準，以李遠哲多年來對台灣 的認識，他知道中研院的研究水平何在，雖然某些領域差強人意，但整體而言， 還是不足。但是辦好一個研究單位，「錢」與「人」是絕對少不了的元素，在過 去一年中，李遠哲在這兩方面都沒有繳白卷。
首先說錢。李遠哲是在去年一月十五日回國，當時行政院正在進行預算平衡 ，對政府預算做最後的審查。據了解，李遠哲一下飛機，連夜趕寫一份他對中研 院的構思，在這份類似「陳情書」的報告中，李遠哲不免提到國家對科學發展投 資之不足，以及他在中研院未來想做的事。
這份報告送到行政院，政府方面當然領情，於是不但中研院的預算成為去年 科技單位中唯一不刪反增的單位，成長了十二萬左右，行政院長連戰一個五千萬 的大紅包也大方出手，讓中研院人員領教到，「李院長果然夠力」。
有錢好辦事，也更應該辦事。李遠哲發展中研院的基本做法是，找好的人才 回國；而且，這些人才必須是世界一流的人才，不但自己要具備國際性的研究地 位，而且能領導年輕一輩的研究人員。在過去一年中，他曾經多次出國訪才，由 於李遠哲的身份與熱誠，以及他全心建設台灣的付出，很少他看中的對象會不為 所動。
李遠哲已經成功的替中研院找到第一位掌管人文社會科學發展的副院長，由 美國的中國考古權威哈佛大學教授張光直擔任，這項人事任命不但打破了中研院 決策階層多年來由理工人才領軍的慣例，而且對台灣整體人文社會科學的發展都 將是重要的一步。
此外，李遠哲也在生命科學、材料科學、醫學、植物學、史學各方面替中研 院延攬人才，到目前為止，大約有七、八位頂尖的學者同意返國工作。李遠哲在 就任典禮上曾以積極的語氣指出，中研院要調整步伐、發揮戰鬥精神，全力推動 研究工作。延攬人才的工作可說是為中研院建立「將軍級」人才，目前的成果算 是相當不壞了。
李遠哲非常贊成主題研究的做法，因此他上任後也規劃了一些新的主題，其 中最明顯的就是東南亞研究，這個方向曾經被批評為是替李登輝總統的南向政策 背書。不過，李遠哲否認這個說法，他認為，台灣有機會、也有很好的條件在東 南亞地區成為領導國家，不論台灣的政治導向是什麼，中研院都有必要加強對東 南亞地區了解。去年十二月初，中研院也完成了東南亞研究的四大方針，包括南 島語系、宗教及本土文化、脫離殖民統治後東南亞區域的發展，以及華人在當地 的互動關係。
至於在中研院的整體制度上，由李遠哲的想法是先全面了解，再談實際改革 ，因此第一年中，他並沒有實施具體的改革。不過，他回國就任後，曾與全院十 八個研究單位逐一座談，了解研究人員對中研院的看法與問題，這種做法的最大 好處是，未來的政革將包含全體研究人員的意見，而不只是他個人的想法。
李遠哲也大致指出了中研院制度上的重要變革方向，例如院長任期制的擬定 、中研院的定位問題；以及在去年院士會議期中，曾經引起軒然大波的院士候選 人論文抄襲、院士本土化等問題，因此他也指定了專案小組，徹底檢討中研院院 士選舉辦法。基本上，有關中研院的重大制度，李遠哲都下過工夫細心的研究了 解，他也計劃在兩年內，推動修改中研院組織法，這些工作都將對中研院產生深 遠的影響。
對於中研院二千多名研究人員而言，雖然不是每一個人都有機會與李遠哲做 長時間的接觸，但多數人都能同他的許多做法與言論。
有的研究人員形容，第一年中雖然還看不出李遠哲做出重大的「政績」，但 大家知道他在做事，目前的情況是，李遠哲有點像是「精神領袖」，他以「世界 水準」的眼光來衡量中研院的現況與未來，這種心態對中研院產生極大的鼓舞， 無形中會激勵每一個人自勵自發的朝向這個目標走去。因為，大家知道，李遠哲 決心將中研院帶向一個更高的領域，他也有此能力，證諸過去一年的發展，中研 院應該是「明天會更好」。
但也正因為精力太充沛了，李遠哲的外務也多得嚇人。據了解，他過去一年 內，每個月的演講至少二、三場，回國初期，更多到一天趕兩、三場的地步。他 自己都說，經常左、右西裝口袋裡裝的演講稿不同，有時候都怕會摸錯一張。至 於時間較短的間幕、餐會致詞，多得連幕僚人員都簡得統計了。
外務這麼多，院長的許多看法要透過媒體，院內的研究人員才有辦法了解， 這種狀況正常嗎？一位中研院主管表示，其實他相當認同李遠哲說的許多話，李 遠哲也應該知道如何調配，並且了解自己的言行影響。他們並指出，李遠哲擔任 中研院的院長也不能把自己關在南港，他必須與政府體制建立關係，以利中研院 的運作，例如，為了爭取經費，李遠哲當然要與科技、教育單位及行政院多溝通 。
但是，相對於超高的見報率，李遠哲真的每一次都知道自己在說什麼嗎？在 他的幕僚人員看來，他們經常要為李遠哲的話捏一把冷汗。由於李遠哲相當坦率 ，說話很直，這種個性雖然博得大眾的激賞，但也替他帶來不少麻煩。例如去年 高考放榜後，身為典試長的李遠哲在回答媒體詢問時，居然說他認為考試成績不 理想，即使上榜的人，水準也有下降的趨勢。結果新聞見報的第二天，他的秘書 就有接不完的電話，許多考上的人抱怨李遠哲這麼說，不是看不起他們嗎？
後來還有一次，為了大學是否廢考三民主義，李遠哲不但贊成，而且說他「 三小時就唸完了」。這雖然是一句形容的話，但卻又引來一陣保守人士及三民主 義教師的抗議，情形嚴重到「電話線都快燒斷了」。
平心而論，李遠哲的外務雖不少，但基本上都與國內的科技、教育發展有關 。以去年最主要的兩件事來說，一是成立「傑出人才發展基金會」，一是擔任教 改會召集人。而為了成立基金會，他必須到處募款，參加募款餐會，在這些餐會 中，他的演講主題也全是有關如何建立台灣的學術發展；他可以說是以「諄諄教 誨」的態度，對國內企業界的大老闆們闡釋支持台灣科技發展的重要，以使他們 同意捐款。
這種將工商界充沛的資源導向整體學術發展的作法，在國內並不多見，更有 別於企業界自行成立基金會、智庫的作法。因此，得到不少人的支持。
但對於教改會的工作，有不少人認為，教育改革是百年大計，只有李遠哲一 個人的理念與熱心是不夠的。而目前李遠哲主持教改會的最大隱憂，是沒有固定 的專業人士擔任幕僚，將各方的建議化為具體方案；每週一次的「教育大家談」 ，可能發展成為這各言爾志的清談。兩年後如何交卷，可能是李遠哲必須正視的 問題。
據李遠哲的幕僚指出，他個人也體會到，今後不能再維持回國第一年的高活 動力，第一年是為了宣導他的觀念，使大家更清楚的了解他的想法與做事的方法 。但今後，李遠哲決定將工作重點放在中研院的事務以及教改會上，他也將重拾 自己的研究工作，實際他的三三制──中研院事務、院外事務、研究工作各佔三 分之一工作時間。
近半世紀前，中國強人蔣介石曾有意將一代學人胡適推上行憲首任總統寶座 ，儘管蔣介石希望胡適做的是虛位總統，自己仍是實權領袖，但他「尊崇」學人 的「風範」仍令人印象深刻，後來因主客觀條件未能配合，胡適沒成為虛位總統 ，卻成了中研院院士，並在十年後自美返台成為中研院院長；如今李遠哲亦被李 登輝從美國請回台灣，當上新科中研院院長，日後李登輝會否再循老蔣模式，試 推李遠哲為首任民選總統，相當值得注意。
李遠哲當上中研院院長放棄美國籍前後，已分別出任總統府國策顧問、行政 院科技顧問、國統會委員、考試院高考典試長等多項要職，不久前還擔任教育改 革會召集人，顯然李遠哲已跨出化學天地，進入政治、教育、考試甚至市政等「 全方位」領域。尤具象徵意義的，他還是極少數與兩岸最高領導人─李登輝、鄧 小平─說過哈佛的台籍名人，放眼當今政壇新貴，擁有這種「兩岸經驗」的，選 真只有李遠哲一人。
李遠哲作風踏實，任事專勤，言談誠懇，新聞界訪問他，他幾乎知無不言， 但唯獨避談政治，並且對政治問題愈來愈敏感，這在言論愈趨自由、學人放言高 論的今日台灣，顯得不大尋常。