李遠哲這次去大陸參加第一屆國際華人物理學大會，是他回台定居、擔任中 研院院長之後，第一次赴大陸。會議上有人開他玩笑，「你來了，宋健就不來啦 ！」宋健是國務院科技委員會主任，是中共官方最高級的科技領導。
李遠哲此次以諾貝爾獎得主的身分受邀請，原因是中共不承認中央研究院， 中研院的「中央」兩個字不被中共官方接受，李遠哲說：「我的存在在大陸是看 不見，我到汕頭開會是以諾貝爾獎得主的身分去的，不是中央研究院院長，所以 和他們談合作，當然會不自然啦。」
自從一九七八年起，李遠哲給予位在大連的中科院物理化學所許多實驗設計 上的幫助後，和大陸學術界開始長時間的交流，這期間他也和中共高層有過晤談 。一九八六年獲得諾貝爾獎之後，中國大陸更是推崇他。
不過，放棄美國籍、回台灣當中研院院長之後，李遠哲這趟去中國大陸，情 況好像跟以往不同了！以前在大陸「通行無阻」的李遠哲，這次因為時間趕，而 且是在最南端的汕頭開會，沒去成北京，他覺得有點可惜，「沒到北京，並不是 因為局勢緊張，是因為台北有另外一個會議，我老早答應要做個學術報告，不然 的話，到北京走一趟，和那邊交換意見，雖然不一定能見到重要的人……。」
李遠哲承認，過去人在海外，講話比較理想，現在在中研院的崗位上要談兩 岸交流，才知道困難重重，更何況他的院長身分在中國是不存在的！李遠哲說， 以前他去大陸，沒有用「政治實體」來形容台灣的處境，現在不同了，他很堅持 ，台灣雖小，但和大陸交流一定得對等，「不能說我生活在小小一個台灣島上， 就不是一個完整的人。」
去年，北京主辦化學科國際奧林匹亞競試，一開始沒有邀請台灣的學生代表 ，北京方面堅持一個國家祇能有一個代表。台灣的化學會請李遠哲幫忙，他寫了 傳真信過去給大陸的科學界，告訴他們這樣做是不好的。結果到了最後幾天才讓 表去，而且還是以unofficial的身分。今年也是同樣情形，台灣沒有接到邀請信 ，李遠哲又寫了封信過去，國台辦人士告訴大陸的科學界說：「這次李教授很強 勢！」
李遠哲這次去汕頭還參加一場教育座談，五位獲得去年奧林匹亞物理競試金 牌的學生來到會場，李遠哲才知道，他們去年在澳大利亞得獎時，中共一位代表 抗議台灣升起奧會旗，於是就把學生帶走，沒有參加領獎儀式！在汕頭主持座談 的清大校長沈君山說，這些小孩可能一輩子才領這麼一次金牌，連小孩子的學術 交流都因政治介入、障礙重重，他對兩岸學術交流持保留態度。
回台灣之後的李遠哲，遭遇過幾次學術風波，幾乎是他以前沒料到的。韓國 的國家研究院準備邀請二十個諾貝爾獎得主當他們的海外院士，他們邀請李遠哲 時，根本沒提他是台灣的中央研究院院長。
到底李遠哲如何看待兩岸目前的緊張關係﹖根據過去他和中共高層的接觸， 中共高層對台灣的心態怎麼一回事﹖李遠哲自己是不是兩岸使者﹖他心目中理想 的使者是誰﹖以下是專訪紀要：
問：傳聞目前兩岸局勢緊張，執政高層正在找調人，你的看法如何﹖
答：真正擔任協商的人不會有公開的動作，一公開，協商不會成功的。我們
現在如果真正要找一個人，同時瞭解台灣和大陸，李光耀可能是最好的人選。
問：你自己呢﹖有沒有可能在戰爭陰影下擔任和平使者﹖
答：我沒有想過。有一天，如果真正需要我做些事，我能做的話，我當然是
願意的。
不過，這種事還是在外面的第三者來做比較合適，李光耀就是最好的人選，
他又是個政治家，他在演講中提到，台灣的領導人知道，可以做到哪一個階段而
不觸怒中國大陸，中國大陸也知道怎麼樣在政治的夾縫裡走。李光耀知道這些事
的。
過去幾十年我去大陸，我希望他們瞭解台灣的情形。現在，我回來台灣而且
擔任中央研究院的院長，可能就不適合了。
問：海峽兩岸目前的緊張關係，你認為嚴重到什麼程度﹖
答：海峽兩岸的緊張關係是相當嚴重的。中研院這幾個月去大陸講學交流的
人，回來都說，這幾個月的氣氛很不一樣。很多學者到了大陸，老百姓知道是從
台灣來的之後，都會顯出敵意。他們總覺得台灣和美國在一起欺負中國人，很多
老百姓覺得，非要以武力解決台灣不可，而且非常迫切！
另外，中國大陸的資訊很不發達，他們一般人對台灣的瞭解也不深，所以， 很多大陸的年輕人會說，如果台灣獨立，我要參軍解放台灣！所以，以武力解放 台灣的迫切感，還有慢慢對台灣build up（建立）的敵意，對台灣是很不利的！
海峽兩岸的關係，最好的一面、最應該做的是讓大陸十億人口知道台灣在什 麼樣的路，我們的路是大家一起走出來、也是全人類應該走的路。在全世界國際 化的今天，我們走的路正是人類走的路。
用武力對抗武力是真正的下策，如果有人以為我們應該擴充軍備，好好對抗 大陸的武力侵犯，我想這是下策。戰爭已經不是解決紛爭的手段，冷戰早已結束 ，蘇俄、美國都在收斂軍備，如果台灣海峽真的有戰事，美國人不會願意來幫忙 的！應該是想辦法阻止這場戰爭。
當我看到大家在討論統獨時，我常在想，二、三十年後，國家的觀念會有很 大的改變，如果在這幾年當中急著想統一、或者急著想獨立，沒有多大的意義。
這個世紀，亞洲的人民都受過壓迫，想當家作主的意念很強，海峽兩岸也一 樣，都想當自己生活地方的主人，這是毫無疑問的。台灣現在很多人喊獨立，也 是看到了大陸這幾十年來走得不順利。
一百年前的中國吶喊：民族受到壓迫，大家要團結；現在的中國大陸還是如 此。開放改革之後，是有一些人得到好處，但還有更多的人沒有，同樣的腐化貪 污，所以，大陸上開始有人批評鄧小平和江澤民，說他們走的路是不對的。他們 覺得西方的影響是不好的。
他們常常覺得台灣和西方很接近，特別是美國。六四之後，美國對中國大陸 的人權、貿易、智慧財產權等等都有干涉，中國大陸也覺得外力在干涉台灣，所 以，中國大陸漸漸形成一個結論：台灣已經漸漸和美國走在一起，是美國的一顆 棋子，將來會對中國大陸不利。
我覺得他們這種判斷是不對的，不過，「上面的人」不太瞭解，他們很少出 國看看。
我在美國居住了三十二年，而且有一段時間是美國人，每次看到中國講「美 帝」怎麼樣，我就很不能同意。美國政府對民意很敏感，美國人現在對中國有不 友善的看法，都是六四的緣故，看到電視裡機關槍掃射、坦克車壓死了人，而中 國政府說「六四沒有死人」，沒有人會相信的。
六四之後，以前對中國抱著希望、想幫中國做點事的人，都覺得「我不要了 ！」，而且慢慢和中國疏離了。我長年在美國生活，美國一般人對華人的看法， 我是很敏感的。六四之後，美國人對中國的不諒解有反映到在美國生活的其他華 人身上。
台灣居民追求民主、想當這塊土地上的主人，但中國大陸認為，無論如何， 民族的大團結最重要，對他們來說，社會是不是合理、人民是不是當家作主、生 產和分配是公平的嗎﹖對他們來說，這些是次要的。他們覺得，日本、美國這些 外面的人，對中國是很不友善的，在這種情況下，民族大團結是最重要。這是海 峽兩岸最大的矛盾。
問：他聽得進去你的話嗎﹖
答：他聽不聽得進去，我不知道。我第一次見他是在一九八七年，當時他是
上海市市長，他請我吃飯，在座還有好多上海市的校長。我問他：「江市長，你
是學生運動出身的，為什麼八六年你對學生運動鎮壓得很厲害﹖」他回答說：「
李教授，你不曉得，我年輕的時候參加革命，那是多麼的辛苦；現在的學生四個
人住一個房間，每天都有肉吃，但他們還是不滿」。
我又問他：「江市長，那你對中國的現狀滿意嗎﹖你對上海市的都市設計滿 意嗎﹖」他回答都不滿意，而且需要改善。我告訴他，如果你在學生面前講這些 話，中國還有很多地方需要改善，讓我們大家一起努力，學生會跟你走的。你就 不會站在學生的對立面。他聽了直點頭，我覺得他還是相當開通一個人。
問：你有沒有和李總統交換過對兩岸的看法﹖你的看法和李總統接近嗎﹖
答：不曉得。我很少跟他聊這些事。不過，這一陣子如果有機會，我倒是很
願意和他交換意見。不過，這也不是李總統一個人的事，大家應該想想，台灣往
哪裡去﹖