總統府秘書長八十年六月二十一日
華總（人）字第三０九四號函核備本院八十年七月三日
台人字第０七０三一四號函修正本院八十九年五月二十三日
人事字第八九一００四二三八一號函修正本院九十一年一月三日人事字第九０一六０四五０四一號函修正
本院九十二年一月二十二日人事字第０九二００二三八六０三號函修正
各研究所（處）學術諮詢委員會、研究中心顧問委員會（以下簡稱諮顧會）基於各該所（處）、研究中心研究發展需要，得由所（處）務會議、研究中心業務會議或諮顧會委員三人推薦符合研究所組織規程第十條所定資格條件之高級學術人才為特聘研究員候選人；並由各所（處）、研究中心諮顧會推薦聘請院外專家學者至少五人，就其著作進行評審，並提出書面報告經由所（處）、研究中心諮顧會三分之二以上委員通過後（必要時可通訊投票），依本院研究人員新聘、續聘及升等審議程序作業要點第五條之規定，將相關資料送聘任資格審查委員會審查其資格。
特聘研究員擬聘案獲聘任資格審查委員會（簡稱學組聘審會）三分之二以上委員審查通過後，聘審會應將擬聘案送請院務會議審議其資格，各所（處）、研究中心並應將諮顧會建議支給專業加給及研究獎助費等級之書面資料，連同擬聘人著作目錄、代表作（十篇為限）、學術上之具體成就說明書、其他有利於審查之文件，送本院學術諮詢總會辦理。
本院學術諮詢總會分數理科學、生命科學、人文及社會科學三組，分別決定各該組特聘研究員支給專業加給及研究獎助費之等級，必要時得由各組常務委員，以通訊方式表示意見，由主任委員綜合各委員意見後，決定其支給專業加給及研究獎助費等級。特聘研究員聘任後，每三年由本院學術諮詢總會依其研究成果及學術領導績效，重新評定其專業加給及研究獎助費。
全院特聘研究員總人數以全院研究員的百分之二十五為限，原則上各所（處）、研究中心得配置一人或保留一個名額，其餘名額，不分所（處）、研究中心彈性分配，院務會議審議擬聘案時，應以學術研究成就及學術領導才能為審查重點，未達標準者，得予從缺。
特聘研究員擬聘案，經院務會議審議通過，陳請 院長核定後致聘。