民國七十五年，本院張光直院士等人為推動臺灣史研究，結合歷史語言研究所、民族學研究所、近代史研究所、三民主義研究所(於七十九年改稱中山人文社會科學研究所)等四所之人力，共同籌劃「臺灣史田野研究計畫」。七十七年本院院務會議通過，設立「臺灣史田野研究室」。八十二年二月，張光直院士提出成立「臺灣史研究所」案，三月，經評議會通過；六月，總統府核准；七月，吳大猷院長聘請國立臺灣大學歷史系黃富三教授出任籌備處主任，開始正式運作。八十七年八月，李遠哲院長聘請經濟研究所研究員劉翠溶院士於八月接任籌備處主任，繼續籌備工作。

研究重點

　　台史所籌備處目前有四個研究群，分別以社會經濟史、殖民地史、族群史及文化史為研究重點。自九十一年度起五年中，將推動臺灣環境史研究，做為新的重點計畫。除研究外，該處亦進行史料蒐集、整理、解讀，及文獻資料之數位化等工作。

重要研究成果

　　在近三年(88-90)，該處研究人員17人完成之著作，以論文計之，共87篇 (其中經審查出版者66篇)。另有學術研討會論文58篇，尚待修改出版。這些論文對於清代與日治時期的社會經濟史、族群史、殖民體制、醫療史與文化史，以及戰後索賠、民族主義與鄉土文學等問題，皆有新的論述。

出版概況

　　自八十三年六月創刊之《臺灣史研究》半年刊，已出版至八卷二期。又自八十四年迄今，該處出版之學術會議論文集、學術論著與文獻史料等，共15種。

地方史料之調查與蒐集

　　該處古文書室目前共收藏385宗文物，其中文字資料316宗，圖像資料69宗；以件數計，共18,771件。每一批文書經裱褙、影印、翻拍、建檔之後，開放使用，但以室內調閱為限。

學術研討會

　　該處每二至三週舉辦一次所內例行學術討論會。另外，該處主辦或與其他單位合辦之中、大型學術研討會，至九十年底已有二十一項，其中九項為國際學術研討會。在九十一年，該處預定舉辦兩項國際研討會。