資訊科學研究所於民國六十六年開始設立籌備處，七十一年九月正式成立研究所。目前編制內有33位研究人員，另外有16位博士後研究學者，160多位專職之資訊技術人員。資訊所除了從事資訊科學領域的基礎研究之外，亦以開發有前瞻性之尖端技術、發展以應用為導向的最先進系統為職志。該所出版的雙月刊Journal of Information Science and Engineering是國內資訊領域主要的學術期刊，該期刊連續四年獲得國科會學術期刊傑出及優良獎，並自一九九八年起收錄於SCI Expanded目錄，正朝國際化及自動化的目標邁進。除了繼續資訊科學之基礎研究之外，資訊所在未來幾年將積極投入國家典藏數位化計畫、智慧型交通運輸系統計畫、生物科技、醫療資訊、電子商務、金融計算等。

研究方向及重要研究成果

一、計算理論方面：完成平面圖的新辨認法程式；完成將信任、知識與資訊取得合一的邏輯公設系統、巨量資料運算管理及隱私權保護模式之研究。

二、電腦系統及網路方面：即時網路視訊廣播與典藏系統、發展MOD網路True VOD服務、台灣研究網路化、自動分類與網頁檢索、電子地圖、網路伺服器性能測試器、網路廣告伺服器、數位博物館核心技術與系統整合計畫、網路知識建構平台、社群知識共享、搜尋與管理系統。

三、智慧型代理人系統方面：問答系統知識管理，增進與使用者互動的模式。

四、資訊網際合作方面：研究計算幾何演算法合作環境、資訊網路合作實驗室之安全管理機制、支援網路軟體元件庫線上展示之製作系統、處理大量複雜資料之程式語言與軟體工具、協力作業應用導向之QoS網路服務。

五、電動機車之整車控制技術研發方面：電動機車驅動控制系統、完成電動機車閉迴路類肌肉控制器軟體、硬體界面，成功路試。

六、文件分析與辦識方面：完成以LINUX作業系統為伺服器的文件影像資訊擷取系統，以大量測試的輔助來翻修上述系統所使用的引擎，採取graph matching方法作為辨識工具，已經成為實用系統的一部分。

七、智慧型系統方面：多媒體訊號處理、數位浮水印技術、影像壓縮與視訊編碼技術、影像型虛擬實境、人臉偵測與辨識、視覺化即時追蹤。

八、智慧型運輸系統方面：路側通訊系統、嵌入式系統實驗平台、車用資訊處理器與車輛導航系統雛型、電腦視覺交通偵測系統、動態交通規劃、台北市最新電子路網、實際駕駛路徑案例之經驗路網、路徑案例式選擇系統雛型。

九、中文資訊處理方面：建置「漢字構形資料庫」，擴充使用界面應用程式的功能，發展Microsoft Office 2000缺字增益集，完成詞彙語意結構知識庫雛形系統及頻率最高的前3000詞各語意項的分類工作。建立一廣播電視影音新聞檢索雛形系統「搜影音」，網址為：http://sovideo.iis.sinica.edu.tw。

十、軟體方法方面：開發完成Windows NT的Watchdog容錯及復原系統，完成collaborative authoring system的原型，開發出基於Web的XML編輯伺服器，完成一個數位產權管理平台雛形。

十一、平行處理計算方面：已發展出多項適用於平行處理計算機之編譯技術、執行支援技術，以及多項適用於科學計算及工程應用之平行演算技術。已完成數值風洞之網格產生器、網格分割器，以及以領域分割為基礎的平行流場數值風洞模擬平台。

十二、 視覺化環境方面：研究變分積分在多層解像度影像馬賽克的應用。