民國六十九年七月余南庚等二十一位院士有鑑於生物醫學科技之日趨重要，連署建議成立生物醫學科學研究所，該所於民國七十年二月正式成立籌備處，由余南庚院士擔任籌備處主任。設所工作分別在國內外同時進行，一方面在海外擬定研究發展計畫，羅致研究人員返國；另一方面在國內由蔡作雍院士籌建生醫所大樓，開始神經科學及公共衛生學研究。新大樓於民國七十五年七月完工並啟用，錢煦院士於民國七十六年一月返國擔任籌備處主任，延攬二十餘位研究人員返國，建立相關實驗室。民國七十七年七月吳成文院士繼任籌備處主任，增強及重組研究組群，提升研究水準。民國八十二年十二月一日正式成所。

　　吳成文院士為第一任所長，民國八十六年一月伍焜玉院士獲聘為第二任所長，於民國八十八年底卸任，現任所長為陳垣崇博士，於民國九十年七月到任。生醫所現有具博士學位之研究人員89人、助理人員240人、博碩士班學生143人、行政技術人員 65 人。

研究方向

　　生醫所的使命是以新的思考及方法探討重要疾病的病因與病理，促進疾病診斷、預防及治療方法的精進；最終目的是增進人類基礎生物醫學知識，使生醫所成為國際上的學術重鎮。

　　該所主要有六個研究方向：癌症、心臟血管疾病、感染疾病、神經科學、流行病學與公共衛生、結構生物學。癌症方面主要研究致癌基因的調節、重金屬致癌機制、癌轉移機制，以及研發免疫或化學方面的新治療法；心臟血管疾病研究著重微循環、遺傳疾病及血管生物學；流行病學與公共衛生領域著重遺傳及分子流行病學，在人群層次探討癌症、病毒感染、精神病與心臟血管疾病的成因及預防方法；感染疾病研究著重愛滋病毒、分子寄生蟲及免疫學方面的探討；神經科學研究進行系統功能、細胞生物及分子生物等方面研究；結構生物學的重點在探討分子結構及功能的關係，並發展核磁共振診斷和測試技術。

重要研究成果