民國十六年四月十七日，國民政府定都南京的前夕，在南京舉行的中央政治會議第七十四次會議中，李煜瀛（石曾）先生提出設立中央研究院案，決議推李煜瀛、蔡元培（孑民）、張人傑（靜江）三位先生共同起草組織法。此為設立本院最早的紀錄。五月九日，決議設立籌備處。七月四日，將正在籌設的中央研究院改列為中華民國大學院的附屬機關之一。十一月十二日，大學院院長蔡元培先生聘請學術界人士三十人，在大學院召開中央研究院籌備會，展開籌備工作。十七年四月十日，國民政府修改中央研究院組織條例，成為不屬於大學院的獨立機關；二十三日特任蔡元培先生為院長。五月，啟用印信；六月九日，舉行第一次院務會議，宣告正式成立。

　　本院為中華民國學術研究最高機關，其任務有三，一為人文及科學研究；二為指導、聯絡及獎勵學術研究；三為培養高級學術研究人才。在抗戰前，本院先後成立了十個研究所，分設京、滬兩地。及抗戰爆發，本院奉命西遷，分處昆明、桂林、重慶等地。戰爭結束後，方陸續復員，東還京、滬。三十八年，再播遷來台。及時撤遷者只有歷史語言與數學兩個研究所，圖書文物暫時存放在楊梅火車站倉庫。

中央研究院歷任院長

蔡元培院長
（民國十七年四月至民國二十九年三月）
朱家驊代院長
（民國二十九年九月至民國四十六年十月）
胡適院長
（民國四十六年十二月至民國五十一年二月）
王世杰院長
（民國五十一年五月至民國五十九年四月）
錢思亮院長
（民國五十九年五月至民國七十二年九月）
吳大猷院長
（民國七十二年十月至民國八十三年元月）
李遠哲院長
（民國八十三年元月至民國九十五年十月十八日）