植物研究所的前身隸屬於本院自然歷史博物館，民國十八年春在南京成立，二十三年更名為動植物研究所。隨抗戰歷經遷所南京、衡陽、陽朔至重慶，三十三年分設動物研究所及植物研究所，同年五月一日植物研究所正式成立。四十三年，胡適院長延聘該所資深研究員李先聞先生主持在臺復所的籌備工作。五十一年，中央研究院植物研究所在臺正式成立，由李先聞先生任所長。李先生於六十一年榮退後，繼任的所長依序為：六十一年起郭宗德先生、六十六年起鄔宏潘先生、七十二年起陳慶三先生、七十八年起周昌弘先生、八十五年三月起楊祥發先生，及八十五年八月迄今的蕭介夫先生。

研究方向

　　植物所現有助研究員以上研究人員35位，從事理論及應用性的基礎植物學研究，並參與基礎農學與生物科技的發展研究。目前的研究領域涵蓋：

一、 植物分子及細胞生物學的研究

二、 植物遺傳學

三、 植物生物化學之研究

四、 植物生理學之研究

五、 植物病理學及微生物學之研究

六、 植物系統分類學及演化學之研究

七、 植物生態學及環境科學之研究

八、 生物技術之研究

　　植物所目前正推動以下三個大型整合計畫：

一、 植物生長與分化之分子生物學研究，包括三個子題：

　　(一) 植物老化之分子機制

　　(二) 種子成熟蛋白的基因調控及生物功能

　　(三) 竹基因工程的基礎研究與應用

二、 植物基因組序列分析與功能基因研究

三、 植物歧異度與生態系研究

　　除上述研究計畫外，植物所同仁亦執行國科會、農委會、台北市政府、教育部等政府機構之專題計畫約80餘件。

重要研究成果

　　該所平均每年發表研究論文100餘篇，其他尚有專業技術報告及專書等。平均每年舉辦國內、國際研討會三至五次。此外，有二十餘位同仁協助國內各大學之教學及指導研究生論文，並有多位研究人員協助政府機關重要研究計畫之評議、審議、規劃等工作。該所《植物學彙刊》已發行至四十三卷第二期，且連續十二次榮獲國科會頒發「獎助國內學術研究期刊傑出獎」。